Báo cáo Tìm hiểu về đăng ký trình tự sinh học vào ngân hàng cơ sở dữ liệu

BÁO CÁO CHUYÊN ĐỀ 6 GV:NGÔ CÔNG THẮNG SV: Vũ Thị Thùy Linh NỘI DUNG I.TÌM HIỂU CÔNG CỤ 1.Xác định khung đọc mở 2.Xác định các vị trí nhận biết của enzim giới hạn đối với một trình tự DNA 3. Dự đoán cấu trúc phân tử 4. Xây dựng cây phát sinh chủng loại II. Tìm hiểu về đăng ký trình tự sinh học vào ngân hàng CSDL và Ý nghĩa của việc đăng ký trình tự vào ngân hàng dữ liệu. Ý nghĩa của việc đăng kí trình tự 2.Tìm hiểu cách sử dụng các công cụ 2.1Các công cụ hỗ trợ cho việc đăng ký trình tự 2.2 Cách sử dụng công cụ WebIn và Sequin để đăng ký trình tự vào ngân hàng CSDL I.TÌM HIỂU CÔNG CỤ 1.Xác định khung đọc mở -Vào trang web: Chọn view 2.Xác định các vị trí nhận biết của enzim giới hạn đối với một trình tự DNA - Các công cụ: +NEBcutter V2.0 ( +Webcutter 2.0 ( +Watcut ( +Biotools @ UMass Medical School ( 2.1 NEBcutter V2.0 2.2 Webcutter 2.0 2.3 Watcut 3. Dự đoán cấu trúc phân tử -Trang web: 4. Xây dựng cây phát sinh chủng loại 4.1Ý nghĩa của ứng dụng xây dựng cây phát sinh chủng loại. 4.2. Cách sử dụng các công cụ Ý nghĩa của ứng dụng xây dựng cây phát sinh chủng loại. Như ở chuyên đề 5 chúng ta đã tìm hiểu các công cụ sử dụng trong ứng dụng so sánh trình tự. Sau khi so sánh trình tự, các số liệu thu được sẽ chuyển thành cây phát sinh. Mục đích của cây phát sinh là phản ánh mối qua hệ tiến hóa. 4.2 Cách sử dụng -Công cụ: Xuất hiện giao diện. Tại đây xuật hiện nhiều cách thức xây dựng cây cho bạn lựa chọn. Tùy theo từng thuật toán khác nhau. Giả sử ta lựa chọn thuật toán neighbor_joining Khi bạn nhấp run trang chủ sẽ gửi yêu cầu đòi mail của bạn. Bạn hãy nhập vào e_mail và nhấn ok Yêu cầu nhập vào dòng kí tự xuất hiện trên màn hình Thu được kết quả II. Tìm hiểu về đăng ký trình tự sinh học vào ngân hàng CSDL và Ý nghĩa của việc đăng ký trình tự vào ngân hàng dữ liệu. Ý nghĩa của việc đăng ký trình tự vào ngân hàng dữ liệu. Tìm hiểu cách sử dụng các công cụ 2.1Các công cụ hỗ trợ cho việc đăng ký trình tự 2.2 Cách sử dụng công cụ WebIn và Sequin để đăng ký trình tự vào ngân hàng CSDL 1. Ý nghĩa của việc đăng ký trình tự vào ngân hàng dữ liệu. Công bố kết quả nghiên cứu của mỗi các nhân, nhóm nghiên cứu, phòng thí nghiệm. Đồng thời nhớ vào việc đăng kí mà người ta có thể biết được ai đã và đang nghiên cứu về vấn đề này. Kết quả của việc nghiên cứu đó đang ở đâu từ đó định hướng nghiên cứu tiếp theo hược xem xét lại kết quả của mình. Là cơ sở cho việc cỗng bố các bài báo, công trình nghiên cứu vào các tạp chí khoa học. Đóng góp vào việc xây dựng CSDL, tạo nguồn thông tin dùng chung cho mọi người quan tâm. Đóng gáp vào các dự án trình tự Genome của các sinh vật, ý nghĩa của việc này vô cùng to lớn cho nghiên cứu và ứng dụngt hực tiễn. Góp phần quan trọng vào việc giải mã Genome sinh vật trong những giai đọan tiếp sau là dự án giải mã genome. 2. Tìm hiểu cách sử dụng các công cụ 2.1Các công cụ hỗ trợ cho việc đăng ký trình tự - Các trang web: + +EBI: a) Ngân hàng DDBJ b) Ngân hàng EBI 2.2 Cách sử dụng công cụ WebIn và Sequin để đăng ký trình tự vào ngân hàng CSDL. a) Đăng kí trình tự bằng WebIn. Bước 1: Vào ngân hàng EBI theo địa chỉ: - Bước 2: Chọn phần đăng kí trình tự( Submission) Bước 3: Chọn WebIn Bước 4: xác nhậ số ID của WEbin và coppy vào phần trống bên dưới. Sau đó điền các thông tin các nhân. Sau khi chọn số lượng trình tự đăng ký và đă nhập Password để bảo mật, nhấn next để tiếp tục sang trang mới và khai bão những thông tin: chiều dài trình tự, nhận dạng trình tự… Các bước đăn kí tiếp theo được thực hiện tuần tự theo hưnớg đẫn của Webin , trình tự đăng kí nếu được chấp nhận bởi EMBL người đăn kí sẽ nhận được thông tin cần thiết và mã số truy cập dưới dạng thư điện tử theo địa chỉ hộp thư đăng kí. Thông tin cung cấp để đăng ký Webin đoiừ hỏi phức tạp và chính xác do đó để đảm bảo quá trình thành công cần phải chuẩn bị các thông tin liên quan đến trình tự đăng kí thật đầy đủ. b) Đăng kí bằng Sequin -Trước khi bắt đầu: +Chuẩn bị dữ liệu trình tự nucleotit và trình tự a.a +Sequen thường nhận trình tự dưới dạng FASTA, ngoài ra có thể là PHYLIP, NÉXUS,MACAW… - Đăng kí trình tự +Sau khi đã hoàn tất việc chuẩn bị các File trình tự, bất chương trình Sequin. +Để bắt đầu, click vào Start New Submission. +Các trình tự về Nucleotit và protein phải được ghi vào các file notepad để khi đăng nhậpt rình tự ta chỉ cần đưa đường dẫn đến File đó và nhấp vào nút Next Page. Xem kết quả trước khi gửi đăng kí +Sau khi hoàn tất các bước trên, Sequin sẽ cho chúng ta xem 1 giao diện chứa định dạng trình tự theo tiêu chuẩn của ngân hàng Gen. Kết quả này được lưu dưới dạng 1 File để gửi cho ngân hàng Gen qua Email. Sau 1 khoảng thời gian xử lý dữ liệu Ngân hàng gen sẽ cho chúng ta biết họ đã nhận được và chấp nhận hay không. Nếu được chấp nhận người đăng ký sẽ được cung cấp 1 địa chỉ truy cập dưới dạng số và chữ. TÀI LIỆU THAM KHẢO 1. Bài giảng tin sinh học TG:Nguyễn Đức Bách – Phan Trọng Nhật Trường ĐH Nông Nghiệp HN 2.Các trang web: - - - - - -