ARN tổng số được tách chiết, dùng làm khuôn để thực hiện phản ứng RT-PCR, sử
dụng hai đoạn mồi DH3F và DH4R để nhân vùng gen VP1 của hệ gen virus viêm gan vịt.
Đoạn chứa gen VP1 và 2 mồi có độ dài khoảng 800 bp. Sau đó sản phẩm của phản ứng RT-PCR được điện di trên thạch agarose 1% để kiểm tra. Kết quả điện di được thể hiện trên hình
4.1. Trên hình 4.1 cho thấy, có xuất hiện một băng ADN rõ nét, khi so sánh với kích thước các
băng của chỉ thị phân tử chúng tôi nhận thấy băng này có kích thước khoảng 800 bp tương ứng
với kích thước của sản phẩm RT-PCR dự kiến.
Như vậy, có thể kết luận rằng chúng tôi đã thực hiện thành công việc nhân đoạn gen
VP1 của virus viêm gan vịt bằng phản ứng RT-PCR. Đồng thời hai đoạn mồi (DH3F và
DH4R) cùng những thành phần phản ứng và chu trình nhiệt mà chúng tôi chọn là hoàn toàn
phù hợp để nhân vùng gen VP1 trong hệ gen của virus viêm gan vịt.
5 trang |
Chia sẻ: netpro | Lượt xem: 1692 | Lượt tải: 2
Bạn đang xem nội dung tài liệu Đề tài Nghiên cứu giải mã vùng gen VP1 của một số mẫu vacxin viêm gan vịt hiện đang sử dụng tại Việt Nam, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
Tuyển tập Báo cáo “Hội nghị Sinh viên Nghiên cứu Khoa học” lần thứ 6 Đại học Đà Nẵng - 2008
242
NGHIÊN CỨU GIẢI MÃ VÙNG GEN VP1 CỦA MỘT SỐ
MẪU VACXIN VIÊM GAN VỊT HIỆN ĐANG SỬ DỤNG TẠI
VIỆT NAM
STUDY ON GENETIC PROPERTIES OF THE ANTIGENIC VP1 GENE OF
THE TWO ATTENUATED VACCINE VIRUS SAMPLES OF DUCK HEPATITIS
CURRENTLY USED IN VIETNAM
SVTH: NGUYỄN THỊ DIỄM QUỲNH
Lớp: 03 SH, Trường Đại học Bách khoa
GVHD: PGS. TS. LÊ THANH HÒA
Phòng Miễn dịch học-Viện Công nghệ Sinh học-Viện Khoa học
và Công nghệ Việt Nam
TÓM TẮT
Viêm gan vịt là một bệnh truyền nhiễm xảy ra ở thể cấp tính đối với vịt con. Trong hệ gen của
virus viêm gan vịt, gen kháng nguyên VP1 - vừa quyết định tính kháng nguyên, vừa quyết tính
độc lực của virus. Trong đề tài này, toàn bộ gen VP1 có độ dài 714 bp đã được thu nhận từ
hai chủng vacxin nghiên cứu: i) chủng vacxin xưởng thuốc (kí hiệu là VxXT), ii) chủng vacxin
Ai Cập (kí hiệu là VxAC). Với chương trình BLAST, tiến hành truy cập Ngân hàng gen sử dụng
chuỗi gen kháng nguyên VP1 của hai mẫu nghiên cứu trên, chúng tôi nhận thấy rằng gen VP1
của mẫu VxAC có độ tương đồng cao với các chủng virus viêm gan vịt type 1 (DHV1) của thế
giới. Bằng phương pháp phân tích phả hệ cho thấy: Chủng vacxin Ai Cập có thể có nguồn gốc
từ Trung Quốc, còn chủng vacxin xưởng thuốc mặc dù vẫn nằm trong nhánh các chủng của
Trung Quốc nhưng có quan hệ xa hơn so với chủng vacxin Ai Câp, và có thể có nguồn gốc từ
một chủng cổ điển của Hàn Quốc.
ABSTRACT
Duck hepatitis virus (DHV) is an acute and fatal disease of young ducklings characterized by
its rapid transmission. In the genome of Duck hepatitis virus type 1 (DHV1), the VP1 antigenic
gene affects to the antigenic and virulent of hepatitis virus. The complete 714 bp VP1
sequence was obtained from the two samples of attenuated vaccine: i) a vaccine strain from
VETVACO (designated as VxXT); ii) a vaccine strain from Egypt (designated as VxAC) strains
(Egyptian vaccine). Using the VP1 sequence of each strain as an entry to search at BLAST, it
revealed that our VP1 of VxAC has high identity to DHV1 of world strains. Phylogenetic
analysis confirmed the Chinese origin of VxAC and Korean origin of VxXT. The VxXT strain,
although belongs to the group of other Chinese strains, has more distant relation than the
Egyptian vaccine (VxAC) strain, possibly it has been originated from a classical strain of Korea.
1. ĐẶT VẤN ĐỀ
Bệnh viêm gan vịt do virus (duck hepatitis virus-DHV) là một bệnh truyền nhiễm xảy ra ở
thể cấp tính với vịt con 1-6 tuần tuổi (Woolcock, 2003) [5], bệnh lây lan nhanh và gây tỉ lệ
chết rất cao, có khi lên đến 100% trên toàn đàn. Hệ gen của virus viêm gan vịt chứa axit
ribonucleic (ARN). Trong hệ gen của virus viêm gan vịt, thì vùng được quan tâm nhiều nhất là
vùng gen mã hoá cho protein cấu trúc VP1. Vùng gen này đã được chứng minh là gen kháng
nguyên, nó vừa quyết định tính kháng nguyên vừa quyết định tính gây bệnh của virus (Mulder
và cs, 2000), (Oberste và cs, 1999), (Santti và cs, 2000) [1], [2], [3]. Để phòng và trị bệnh
viêm gan vịt, ở nước ta đang sử dụng một số loại vacxin nhược độc và vô hoạt, nhưng hiệu
quả vẫn còn nhiều hạn chế. Mặc khác, hiện nay ở nước ta vẫn chưa có một nghiên cứu nào về
sinh học phân tử gen kháng nguyên VP1 và hệ gen virus viêm gan vịt. Từ thực tế đó, để cung
cấp nguồn gen virus viêm gan vịt trong ngân hàng gen của nước ta, đồng thời góp phần xác
định chính xác khả năng bảo hộ của vacxin đang sử dụng hiện nay, chúng tôi tiến hành thực
hiện đề tài: “Nghiên cứu giải mã vùng gen VP1 của một số mẫu vacxin viêm gan vịt hiện đang
được sử dụng tại Việt Nam”.
Tuyển tập Báo cáo “Hội nghị Sinh viên Nghiên cứu Khoa học” lần thứ 6 Đại học Đà Nẵng - 2008
243
2. TỔNG QUAN
Hệ gen của virus viêm gan vịt bao gồm khoảng 7690 nucleotit, chứa duy nhất một
khung đọc mở, mã hoá cho một chuỗi protein duy nhất, chuỗi protein này sau khi được tạo ra,
sẽ trải qua nhiều lần phân cắt để tạo các protein sản phẩm độc lập (Tseng và cs., 2007) [4].
Nằm ở đầu 5’ có vùng gen không mã hoá gọi là 5’UTR, nằm ở đầu 3’ cũng có vùng gen không
mã hoá gọi là 3’UTR, và đuôi poly (A) ở cuối. Giữa hai vùng không mã hoá 5’UTR và 3’UTR
là vùng gen mã hoá tổng hợp protein. Vùng này bao gồm ba tổ hợp gen: tổ hợp gen P1 mã hoá
cho ba loại protein cấu trúc là VP0, VP3 và VP1; tiếp theo là tổ hợp gen P2 mã hoá cho các
protein không cấu trúc là 2A, 2B, 2C; nằm cuối cùng là tổ hợp gen P3 mã hoá cho các loại
protein không cấu trúc là 3A, 3B, 3C, 3D (Hình 2.1).
Hình 2.1. Sơ đồ hệ gen virus viêm gan vit type (Tseng và cs., 2007)[4]
Trong hệ gen virus viêm gan vịt thì vùng gen được quan tâm nghiên cứu nhiều nhất là
gen mã hoá cho protein VP1.Vùng gen này bao gồm 714 nucleotit. Gen này đã được chứng
minh là gen kháng nguyên, nó quyết định tính kháng nguyên và tính độc lực của virus. Những
sai khác trong vùng gen này rất dễ dẫn đến thay đổi tính kháng nguyên và tính độc lực của
virus viêm gan vịt.
3. NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
3.1. Nguyên liệu
Chủng vacxin viêm gan vịt nhược độc do Xí nghiệp thuốc Thú y Trung ương sản xuất
(kí hiệu: VxXT)
Chủng vacxin viêm gan vịt nhược độc của Ai Cập do Trường Đại học Nông nghiệp I
Hà Nội cung cấp (kí hiệu: VxAC)
3.2. Phương pháp nghiên cứu:
Sử dụng các phương pháp sinh học phân tử như: phương pháp tách chiết ARN tổng số,
phương pháp RT-PCR, phương pháp điện di, phương pháp dòng hóa, phương pháp giải trình
trình tự.
4. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
4.1. Kết quả thực hiện phản ứng RT-PCR
ARN tổng số được tách chiết, dùng làm khuôn để thực hiện phản ứng RT-PCR, sử
dụng hai đoạn mồi DH3F và DH4R để nhân vùng gen VP1 của hệ gen virus viêm gan vịt..
Đoạn chứa gen VP1 và 2 mồi có độ dài khoảng 800 bp. Sau đó sản phẩm của phản ứng RT-
PCR được điện di trên thạch agarose 1% để kiểm tra. Kết quả điện di được thể hiện trên hình
4.1. Trên hình 4.1 cho thấy, có xuất hiện một băng ADN rõ nét, khi so sánh với kích thước các
băng của chỉ thị phân tử chúng tôi nhận thấy băng này có kích thước khoảng 800 bp tương ứng
với kích thước của sản phẩm RT-PCR dự kiến.
Như vậy, có thể kết luận rằng chúng tôi đã thực hiện thành công việc nhân đoạn gen
VP1 của virus viêm gan vịt bằng phản ứng RT-PCR. Đồng thời hai đoạn mồi (DH3F và
DH4R) cùng những thành phần phản ứng và chu trình nhiệt mà chúng tôi chọn là hoàn toàn
phù hợp để nhân vùng gen VP1 trong hệ gen của virus viêm gan vịt.
4.2. Kết quả dòng hoá
TỔ HỢP GEN
P1
TỔ HỢP GEN
P2
TỔ HỢP GEN
P3
Tuyển tập Báo cáo “Hội nghị Sinh viên Nghiên cứu Khoa học” lần thứ 6 Đại học Đà Nẵng - 2008
244
Sau khi thực hiện thành công phản ứng RT-PCR , sản phẩm của phản ứng RT-PCR sẽ
được tiến hành dòng hoá, tức là nối sản phẩm này vào plasmid vector (pCR2.1 TOPO),
plasmid vector mang AND ngoại lai này được gọi là plasmid tái tổ hợp. Sau đó plasmid tái tổ
hợp này sẽ được chuyển nạp vào tế bào khả biến E. coliDH5α và được nuôi cấy trên môi
trường thích hợp để plasmid tái tổ hợp nhân lên với số lượng lớn. Cuối cùng plasmid tái tổ hợp
sẽ được tách chiết bằng bộ kít tách chiết plasmid tái tổ hợp, sản phẩm AND plasmid tái tổ hợp
sẽ được cắt với enzim EcoRI rồi điện di trên thạch agarose 1% để kiểm tra xem sản phẩm RT-
PCR có được dòng hoá vào plasmid vector hay không. Kết quả điện di được thể hiện ở hình
4.2.
Kết quả trên hình 4.2 cho thấy có hai băng sáng trắng ở mỗi lỗ giếng 1, 2 và 3. Khi so
sánh với kích thước các băng của chỉ thị phân tử thì chúng tôi nhận thấy: băng nằm ở trên, có
kích thước 3,9 kb, tương ứng với kích thước của vector pCR2.1-TOPO, còn băng ở dưới, có
kích thước khoảng 800 bp, tương ứng với kích thước của sản phẩm RT-PCR dự kiến. Vì vậy
có thể kết luận rằng: chúng tôi đã thành công trong việc dòng hoá sản phẩm RT-PCR của hai
mẫu vacxin (VxXT và VxAC), và đưa các đoạn gen này vào lưu giữ trong vector tách dòng.
4.3. Kết quả giải trình trình tự và so sánh trên Ngân hàng Gen
Sau khi dòng hoá thành công, chúng tôi tiến hành giải trình trình tự, xử lý chuỗi gen để
có được chuỗi gen VP1 hoàn chỉnh của hai mẫu nghiên cứu. Với chương trình BLAST
( chúng tôi tiến hành truy cập Ngân hàng gen sử dụng chuỗi
gen kháng nguyên VP1 của hai mẫu nghiên cứu trên, chúng tôi đã thu được một số chủng khác
trên thế giới có độ tương đồng cao so với hai chủng nghiên cứu. Trong số các chủng trong
Ngân hàng gen, chúng tôi đã chọn ra 8 chủng đại diện để so sánh sự tương đồng về nucleotit
và axit amin giữa hai chủng nghiên cứu với các chủng khác trên thế giới, đặc biệt là với các
chủng của Châu Á. Kết quả so sánh được thể hiện ở hình 4.3. Để thấy rõ hơn sự tương đồng về
nucleotit và axit amin giữa hai chủng nghiên cứu với các chủng khác trên thế giới, chúng tôi
tiến hành lập bảng so sánh sự tương đồng về nucleotit và axit amin (%) giữa hai chủng nghiên
cứu với các chủng khác trên thế giới. Từ kết quả so sánh sự tương đồng về tỷ lệ %, chúng tôi
nhận xét chủng vacxin Ai Cập có độ tương đồng cao (99%) về nucleotit và axit amin so với 3
bp564
M2 1
800 bp
Hình 4.1. Kết quả điện di sản
phẩm RT-PCR (~800 bp) của mẫu
VxXT và VxAC trên thạch agarose 1%.
Ghi chú: M: chỉ thị phân tử ADN của
thực khuẩn thể Lamda được cắt bằng
enzym HindIII, 1: sản phẩm RT-PCR
của mẫu VxXT, 2: sản phẩm RT-PCR
của mẫu VxAC.
800 bp
3.9 kb
564 bp
4.3 kb
2.0 kb
M23 1
Hình 4.2. Kết quả tách dòng vùng
gen VP1 của virus viêm gan vịt, và điện di
trên thạch agarose 1%, các sản phẩm
ADN plasmid được kiểm tra bằng cách cắt
với enzym EcoRI. Ghi chú. M: chỉ thị phân
tử ADN của thực khuẩn thể Lamda được
cắt bằng enzim HindIII; 1,2: ADN plasmid
tái tổ hợp của mẫu VxAC; 3: ADN plasmid
tái tổ hợp của mẫu VxXT.
Tuyển tập Báo cáo “Hội nghị Sinh viên Nghiên cứu Khoa học” lần thứ 6 Đại học Đà Nẵng - 2008
245
chủng thuộc Trung Quốc: DHV1vac-SH, DHV1-FS, DHV1-ZJ. Đối với chủng VxT, so với
chủng vacxin Ai Cập thì độ tương đồng về nucleotit và axit amin giữa chủng này với 3 chủng
của Trung Quốc kể trên thì thấp hơn (95-96%), nhưng lại có sự tương đồng về nucleotit đến
99% so với chủng DHV-HS, một chủng cổ điển của Hàn Quốc (DQ812094). Giữa hai chủng
nghiên cứu (VxAC và VxXT), sự tương đồng này không cao lắm, chỉ chiếm 95%.
Bằng phương pháp phân tích phả hệ (hình 4.4), chúng tôi đã rút ra kết luận là: Chủng
vacxin Ai Cập có thể có nguồn gốc từ Trung Quốc, còn chủng vacxin xưởng thuốc mặc dù vẫn
nằm trong nhánh các chủng của Trung Quốc nhưng có quan hệ xa hơn so với chủng vacxin Ai
Câp, và có thể chủng vacxin xưởng thuốc này là có nguồn gốc từ một chủng cổ điển của Hàn
Quốc.
Hình 4.3. So sánh trình tự nucleotit (A) và axit amin (B) v ùng gen VP1 virus viêm gan vịt của
hai chủng nghiên cứu (VxAC và VxXT) với các chủng khác trên thế giới. Ghi chú: Dấu chấm
A. So sánh về nucleotit
B. So sánh về axit amin
* 20 * 40 * 60 * 80 *
DHV1-VxAC- : GDSNQLGDDEPVCFLNFETANVPIQGESHTLVKHLFGRQWLVRTVQHDSTVQELDLQVPDRGHASLIRFFAYFSGEIILTIVNNGTTPAMVAH : 93
XT ...............................................A....................L........................
DHV1vac-SH : . : 93
ZJ ....-..............................S...........A.................... ........................ 2
DHV1vac- : . . . : 93
-E53(C .... .............................. ...........A.................... ........................
DHV1 FS(CN : . . . : 93
-SY6(C .... .............................. ...........A.................... ........................
DHV1 ZI07- : . . VL . : 93
- J(CN .... .............................. ...........A...................QL........................
100 * 120 * 140 * 160 * 180
DHV1-VxAC- : SYSMDDLSSEYAVTAMGGVMIPANSAKNISVPFYSVTPLRPTRPIPGTSEATFGRLFMWTQSGSLSVFMGLKKPALFFPLPAPTSTILSQKSK : 186
XT ......................................................................................TS.R..N
DHV1vac-SH : .. . . : 186
ZJ ......................................H...............................................T .RG.N 5
DHV1vac- : P . . : 186
-E53(C ...................................... ................................................ .....
DHV1 FS(CN : . . : 186
-SY6(C ...................................E.. .........A.....................................TS.H..N
DHV1 ZI07- : . : 186
- J(CN ...................................... .................................................P....
* 200 * 220 *
DHV1-VxAC- : DVIPTLNQSGDEVDCHFCEICSKMKRRWKPRGYFRFCLRLKTLAFELNLEIE : 238
XT .A..............................H....F..............
DHV1vac-SH : . . . : 238
ZJ G ................K.......M.....H.... .............. 7
DHV1vac- : . . : 238
-E53(C . ................................... ..............
DHV1 FS(CN : . . : 238
-SY6(C G ........................M.....H.... ..............
DHV1 ZI07- : . . : 238
- J(CN . ................................... ..............
* 20 * 40 * 60 * 80 * 100
DHV1-VxAC- : GGTGATTCTAACCAGTTGGGGGATGATGAGCCAGTTTGCTTTCTAAATTTTGAGACAGCTAATGTCCCAATACAAGGTGAATCTCACACTCTTGTTAAACAC : 102
DHV1-VxXT- : ........C.......................G...........G..................................................C...... : 102
DHV1vac-SH : ...................................................................................................... : 102
DHV1vac-ZJ : ......A.C...T..C.A.......................C..G......................................................... : 102
DHV1vac-ZJ : ...............C.A.......................C..G......................................................... : 102
DHV1-E53(C : ........C............................................................................................. : 102
DHV1-FS(CN : ...................................................................................................... : 102
DHV1-SY6(C : .................A....................T..C..G.......................G...........G....................T : 102
DHV1-ZI07- : .................A.......................C..G.......................G...........G....................T : 102
DHV1-ZJ(CN : ...................................................................................................... : 102
* 120 * 140 * 160 * 180 * 200
DHV1-VxAC- : CTGTTTGGGAGGCAATGGTTAGTTAGGACTGTGCAACACGATTCAACTGTGCAAGAGTTGGACCTCCAAGTTCCAGACAGAGGACATGCCTCTCTCATTCGG : 204
DHV1-VxXT- : ........................................CC...............C.C......................................C... : 204
DHV1vac-SH : ........................................C............................................................. : 204
DHV1vac-ZJ : ....C.................................T.C..............................C.....T........................ : 204
DHV1vac-ZJ : ......................................T.C..............................C.....T........................ : 204
DHV1-E53(C : ........................................C............................................................. : 204
DHV1-FS(CN : ........................................C......................................................A...... : 204
DHV1-SY6(C : ....................G.................T.C....................................T.....G..............C... : 204
DHV1-ZI07- : ....................G.................T.T..T.................................T.....G.........A....C... : 204
DHV1-ZJ(CN : .........................A..............C...........................................................A. : 204
* 220 * 240 * 260 * 280 * 300
DHV1-VxAC- : TTCTTTGCCTATTTTTCTGGAGAGATCATCCTTACCATTGTTAACAATGGCACTACACCAGCAATGGTAGCACACTCCTATTCTATGGATGACCTCAGTTCA : 306
DHV1-VxXT- : C.............C..............T...........C...................................T........ ...........C.... : 306
DHV1vac-SH : .............................T........................................................................ : 306
DHV1vac-ZJ : .............................T.................C..............G.....G.....T....................... .... : 306
DHV1vac-ZJ : .............................T.................C..............G.....G.....T........................... : 306
DHV1-E53(C : .............................T........................................................................ : 306
DHV1-FS(CN : .............................T........................................................................ : 306
DHV1-SY6(C : ........T...................................T................................T..............T......... : 306
DHV1-ZI07- : ........T...................................T................................T..............T......... : 306
DHV1-ZJ(CN : C............................T..C..T.................................................................. : 306
* 320 * 340 * 360 * 380 * 400
DHV1-VxAC- : GAGTATGCTGTTACAGCAATGGGAGGTGTGATGATTCCTGCTAACAGTGCCAAAAATATTTCTGTACCATTCTACTCTGTAACACCACTCAGGCCAACTCGA : 408
DHV1-VxXT- : .................................................................G..............G..................... : 408
DHV1vac-SH : ...................................................................................................... : 408
DHV1vac-ZJ : ...................................C.....C..T..............C....................G.......A............. : 408
DHV1vac-ZJ : ...................................C.....C..T..............CC...................G..................... : 408
DHV1-E53(C : ..........................................G........................................................... : 408
DHV1-FS(CN : ...................................................................................................... : 408
DHV1-SY6(C : .......................G.....A..............T..............C...................AG..................... : 408
DHV1-ZI07- : .......................G.....A..............T..............C...................AG.....G............... : 408
DHV1-ZJ(CN : ...................................................................................................... : 408
* 420 * 440 * 460 * 480 * 500 *
DHV1-VxAC- : CCAATTCCTGGCACATCAGAGGCAACTTTTGGCAGACTGTTCATGTGGACTCAATCAGGAAGTCTTTCAGTTTTTATGGGTCTCAAAAAGCCAGCTCTCTTC : 510
DHV1-VxXT- : .........................................T............................................................ : 510
DHV1vac-SH : ...................................................................................................... : 510
DHV1vac-ZJ : ...................................G.................................................................. : 510
DHV1vac-ZJ : ...................................G.................................................................. : 510
DHV1-E53(C : ...................................................................................................... : 510
DHV1-FS(CN : ...................................................................................................... : 510
DHV1-SY6(C : ...............G....A.....C........G..A..T....................C.......................G...........T..T : 510
DHV1-ZI07- : ...............G....A.....C........G..A..T....................C.......................G...........T..T : 510
DHV1-ZJ(CN : ...................................................................................................... : 510
520 * 540 * 560 * 580 * 600 *
DHV1-VxAC- : TTTCCACTCCCTGCTCCCACCTCCACAATACTATCACAGAAATCCAAAGATGTTATTCCCACATTGAATCAGTCTGGGGATGAAGTAGATTGTCACTTCTGC : 612
DHV1-VxXT- : .................T..........C.TC.....G..G......T....C................................................. : 612
DHV1vac-SH : ...................................................................................................... : 612
DHV1vac-ZJ : ....................T.......C........G.GG......T.G................G..........A........................ : 612
DHV1vac-ZJ : ....................T.......C........G.GG......T.G................G..........A........................ : 612
DHV1-E53(C : ...................................................................................................... : 612
DHV1-FS(CN : ...................................................................................................... : 612
DHV1-SY6(C : ........T...........T.....G.C.TC......C........T.G.........T...................... ....G............... : 612
DHV1-ZI07- : ........T...........T.....G.C.TC......C........T.GC........T..........................G............... : 612
DHV1-ZJ(CN : .................................C............................................................ ........ : 612
620 * 640 * 660 * 680 * 700 *
DHV1-VxAC- : GAAATTTGCTCTAAAATGAAGAGGAGGTGGAAGCCAAGAGGGTACTTCAGATTTTGCCTTAGGCTCAAAACACTAGCATTTGAACTCAATCTGGAAATTGAA : 714
DHV1-VxXT- : ........T.................................C..............T............................................ : 714
DHV1vac-SH : ...................................................................................................... : 714
DHV1vac-ZJ : A.......T................T...........A....C...................A.........T..............G....C......... : 714
DHV1vac-ZJ : A.......T................T...........A....C...................A........................G.............. : 714
DHV1-E53(C : ...................................................................................................... : 714
DHV1-FS(CN : ...................................................................................................... : 714
DHV1-SY6(C : ........T................T......A.....G..AC....T..............A....................................... : 714
DHV1-ZI07- : ........T................T......A.....G..AC....T..............A....................................... : 714
DHV1-ZJ(CN : ...................................................................................................... : 714
Tuyển tập Báo cáo “Hội nghị Sinh viên Nghiên cứu Khoa học” lần thứ 6 Đại học Đà Nẵng - 2008
246
(.) biểu thị giống với trình tự nucleotit (axit amin) tương ứng của VP1 của virus viêm gan vịt
chủng VxAC. Sự sai khác về nucleotit (axit amin) của các chủng tiếp theo được thể hiện bằng
các chữ cái ký hiệu của chúng.
Hình 4.4. Cây phả hệ dựa trên mối quan hệ về nucleotit và axit amin của các chủng virus viêm
gan vịt
Ghi chú: (A): cây phả hệ dựa trên mối quan hệ về nucleotit; (B): cây phả hệ dựa trên mối
quan hệ về về axit amin
5. KẾT LUẬN
- ARN tổng số trong đó có hệ gen virus đã được tách chiết thành công, cung cấp nguồn
khuôn cho phản ứng RT-PCR.
- Với cặp mồi DH3F và DH4R, vùng gen VP1 của hai chủng vacxin đã được thu nhận bằng
phản ứng RT-PCR, cung cấp nguồn gen cho nghiên cứu về vacxin virus viêm gan vịt đang
được sử dụng tại Việt Nam.
- Quá trình dòng hoá đã thực hiện thành công đưa đoạn gen VP1 vào lưu giữ trong vector
tách dòng, đồng thời giải mã thành công vùng gen VP1 của cả hai chủng virus viêm gan vịt
nghiên cứu.
- Chủng VxAC được phân lập có độ tương đồng cao so với 3 chủng DHV-1vac-SH, DHV1-
FS, DHV1-ZJ của Trung Quốc, nên có thể chủng VxAC mà ta nghiên cứu có nguồn gốc từ
Trung Quốc. Còn đối với chủng VxXT có thể có nguồn gốc từ Hàn Quốc, mặc dù vẫn nằm
trong nhánh các chủng của Trung Quốc, nhưng nó đã có quan hệ xa hơn so với chủng VxAC.
TÀI LIỆU THAM KHẢO
[1] Mulders, M. N., Salminen, M., Kalkkinen, N. and Hovi, T. (2000), Molecular
epidemiology of coxsackievirus B4 and disclosure of the correct VP1/2Apro cleavage
site: evidence for high genomic diversity and long-term endemicity of distinct genotypes,
J Gen Virol 81, 803–812.
[2] Oberste, M. S., Maher, K., Kennett, M. L., Campbell, J. J., Carpenter, M. S., Schnurr, D.
and Pallansch, M. A. (1999a), Molecular epidemiology and genetic diversity of echovirus
type 30 (E30): genotypes correlate with temporal dynamics of E30 isolation, J Clin
Microbiol 37, 3928–3933.
[3] Santti, J., Harvala, H., Kinnunen, L. and Hyypia¨, T. (2000), Molecular epidemiology
and evolution of coxsackievirus A9, J Gen Virol 81, 1361–1372.
[4] Tseng, C.H., Knowles, N.J., Tsai, H.J., (2007), Molecular analysis of duck 16 Rapid
Communication hepatitis virus type 1 indicates that it should be assigned to a new genus,
Virus Res 123, 190–203.
[5] Woolcock, P.R., (2003). Duck hepatitis. In: Saif, Y.M., Barnes, H.J., Glisson, J.R., Fadly,
A.M., McDougald, L.R., Swayne, D.E. (Eds.), Diseases of Poultry, 11th ed. Iowa State
Press, Ames, IA, pp. 343–354.
DHV1vac-SH(CN)vp1-EF502171
DHV1-FS(CN)-vp1-EU395438
DHV1-ZJ(CN)vp1-EF382778
DHV1-VxAC-vp1
DHV1-E53(CN)vp1-EF151313
DHV1-VxXT-vp1
DHV1vac-ZJ-A2(CN)vp1-EF502172
DHV1vac-ZJ-A(CN)vp1-ABO30521
DHV1-SY6(CN)vp1-EF407862
DHV1-ZI07-3(CN)vp1-EF502170
0.01
VP1
nucleotit
DHV1vac-SH(CN)vp1-EF502171
DHV1-E53(CN)vp1-EF151313
DHV1-FS(CN)-vp1-EU395438
DHV1-VxAC-vp1
DHV1-ZJ(CN)vp1-EF382778
DHV1-VxXT-vp1
DHV1vac-ZJ-A2(CN)vp1-EF502172
DHV1vac-ZJ-A(CN)vp1-ABO30521
DHV1-SY6(CN)vp1-EF407862
DHV1-ZI07-3(CN)vp1-EF502170
0.005
VP1
Axit amin
(A)
(B)
Các file đính kèm theo tài liệu này:
- Nghiên cứu giải mã vùng gen vp1 của một số mẫu vacxin viêm gan vịt hiện đang sử dụng tại việt nam.pdf