MỤC LỤC
Trang
DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, CHỮ VIẾT TẮT VÀ GIẢI NGHĨA . VI
DANH MỤC CÁC BẢNG . VIII
DANH MỤC CÁC HÌNH . XI
MỞ ĐẦU . 1
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU . 4
1.1. Đại cương về bệnh cúm gia cầm . 4
1.1.1. Lịch sử bệnh cúm gia cầm . 4
1.1.2. Tình hình dịch cúm gia cầm A/H5N1 trên thế giới . 5
1.1.3. Tình hình dịch cúm gia cầm A/H5N1 ở Việt Nam . 7
1.1.4. Nguyên nhân gây bệnh. 9
1.1.5. Cơ chế sinh bệnh . 13
1.1.6. Triệu chứng lâm sàng . 15
1.1.7. Bệnh tích . 16
1.1.8. Chẩn đoán bệnh. 18
1.1.9. Phòng chống bệnh cúm gia cầm . 20
1.2. Sinh học phân tử virus cúm A . 24
1.2.1. Hệ gen của virus cúm A. 24
1.2.2. Protein của virus - cấu trúc và chức năng . 26
1.2.3. Cơ chế phân tử quá trình xâm nhiễm và nhân lên của virus cúm A 36
1.2.4. Các phương thức biến đổi kháng nguyên của virus cúm A . 38
1.3. Tiến hóa hệ gen virus cúm A/H5N1 . 42
1.3.1. Sự tiến hóa của virus cúm A/H5N1 . 42
1.3.2. Sự xâm nhập các genotype của virus cúm A/H5N1vào Việt Nam. 44
1.3.3. Sự biến đổi thành phần hemagglutinin (HA) tạo nên các nhóm
kháng nguyên (clade) của virus cúm A/H5N1 tại Việt Nam. 47IV
1.4. Phản ứng RT-PCR trong nghiên cứu virus cúm A . 49
1.5. Một số nghiên cứu về sinh học phân tử virus cúm A/H5N1 tại ViệtNam . 50
1.6. Tầm quan trọng của việc giải mã hệ gen virus cúm A/H5N1 . 54
CHƯƠNG 2: NỘI DUNG, NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁPNGHIÊN CỨU. 56
2.1. Đối tượng nghiên cứu . 56
2.2. Địa điểm và thời gian nghiên cứu . 56
2.3. Nội dung nghiên cứu . 56
2.3.1. Giải trình tự toàn b ộ hệ gen chủng virus cúm A/H5N1 (CkHG4)
phân lập từ gà Hậu Giang . 56
2.3.2. Phân tích so sánh thành phần gen, mối quan hệ nguồn gốc phả
hệ chủng CkHG4 với các chủng của Việt Nam và thế giới . 56
2.4. Vật liệu nghiên cứu . 56
2.4.1. Nguyên liệu . 56
2.4.2. Dụng cụ và thiết bị . 57
2.4.3. Hóa chất . 57
2.4.4. Các dung dịch và môi trường . 57
2.5. Phương pháp nghiên cứu . 58
2.5.1. Phương pháp tách chiết RNA tổng số . 58
2.5.2. Phương pháp RT-PCR . 59
2.5.3. Phương pháp kiểm tra sản phẩm RT-PCR . 63
2.5.4. Phương pháp tinh sạch sản phẩm RT-PCR . 63
2.5.5. Phương pháp dòng hóa. 64
2.5.6. Phương pháp giải trình tự . 67
2.5.7. Phương pháp xử lý số liệu. 69
CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN . 70
3.1. Kết quả giải mã hệ gen virus cúm A/H5 N1 chủng CkHG4 . 70
3.1.1. Kết quả tách RNA tổng số . 70V
3.1.2. Kết quả giải trình tự các gen kháng nguyên HA (H5)
và NA (N1) . 71
3.1.2.1. Giải trình tự gen H5 (HA) . 71
3.1.2.2. Giải trình tự gen N1 (NA) . 73
3.1.3. Kết quả giải trình tự các gen polymerase . 75
3.1.3.1. Giải trình tự gen PB2 . 75
3.1.3.2. Giải trình tự gen PB1 . 76
3.1.3.3. Giải trình tự gen PA . 77
3.1.4. Kết quả giải trình tự các gen NP, M và NS. 79
3.1.4.1. Giải trình tự gen NP . 79
3.1.4.2. Giải trình tự gen M. 79
3.1.4.3. Giải trình tự gen NS . 80
3.2. Phân tích so sánh thành phần gen, mối quan hệ nguồn gốc phả hệ của
chủng CkHG4 với các chủng của Việt Nam và thế giới . 83
3.2.1. Phân tích gen H5 . 84
3.2.2. Phân tích gen N1 . 93
3.2.3. Phân tích gen PB2 . 102
3.2.4. Phân tích gen PB1 và PB1-F2. 106
3.2.5. Phân tích gen PA. 112
3.2.6. Phân tích gen NP . 117
3.2.7. Phân tích gen M . 120
3.2.8. Phân tích gen NS. 124
3.3. Thảo luận chung . 131
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ . 136
CÁC CÔNG TRÌNH ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN ĐẾN
LUẬN ÁN. 138
TÀI LIỆU THAM KHẢO . 139
PHỤ LỤC
..............V.....R...................................Y... : 236
Dk-Hubei-4 : ......................................................................D.V.........................................Y... : 236
Ck-India-N : ................Q.....................................................................................I...........Y... : 236
360 * 380 * 400 * 420 * 440 *
Ck-VN-HG4- : WDPNGWTETDSSFSVKQDIVAITDWSGYSGSFVQHPELTGLDCIRPCFWVELIRGRPKESTIWTSGSSISFCGVNSDTVGWSWPDGAELPFTIDK- : 449
Ck-VN-29-0 : ...........R..............................................................S....................- : 449
VN-HG-207- : ...............................................................................................- : 449
VN-HG-178- : ......I...................................................................S....................- : 449
Ck-VN-CT-0 : ...............................................................................................- : 449
Ck-VN-TG-0 : ...............................................................................................- : 449
Ck-VN-DT-1 : ...............................................................................................- : 449
Ck-VN-30-0 : ......S........................................................................................- : 449
Ck-VN-5-03 : ..............................................................................G................- : 449
Dk-VN-11-0 : ...............................................................................................- : 449
Ck-VN-NCVD : ...............................................................................................- : 449
VN-CL2009- : ..........................................................................................------ : 444
MDk-VN-145 : ..........................................................................D....S..............Q- : 449
Dk-VN-HaiP : ...........N.............................N.....................................S...............- : 449
Dk-VN-50-0 : ......S......................................................V.................S...............- : 449
Dk-VN-BL-0 : ...........................................................G...............G...................- : 449
Dk-VN-17A- : ...........................................................G..............SG...................- : 449
Ck-VN-NCVD : .......G............................................V...................................V......- : 449
Ck-Indo-BL : .......G.......................................................................S...............- : 449
Ck-Thailan : .G.............................................................................................- : 449
Ck-TL-CK-1 : .........................................N....................................................-- : 448
Ck-TL-NP-1 : .......G...N..M................................................................S............---- : 446
Dk-TL-KU-5 : .......G...N..M................................................................S...............- : 449
Ck-Guangxi : ......S........................................................................S...............- : 449
Ck-Hunan-8 : ...........E...................................................A...............S...............- : 449
Dk-Hubei-4 : .......G.......................................................................................- : 449
Ck-India-N : ......AG...............................................Q.......................S...............- : 449
Phụ lục 6: Đột biến trượt-xóa nucleotide (A) và amino acid (B) của gen N1 theo
thời gian tiến hóa (chỉ minh họa vùng đột biến)
(8 chủng trên cùng phân lập trước năm 2003; 6 chủng tiếp theo (đóng khung) phân lập ở Hồng Kông năm 1997;
27 chủng bên dưới phân lập trong các năm 2003-2009, trong đó có chủng CkHG4 (in đậm))
C
ác
ch
ủ
n
g
tr
ư
ớ
c
20
03
C
ác
ch
ủ
n
g
20
03
-2
0
09
A. ĐỘT BIẾN TRƯỢT-XÓA NUCLEOTIDE TRONG GEN N1
120 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220
Ck-Scotlan : AATTCAGACTGGAAATCAAAACCAACCTGAAATATGCAATCAAAGCATCATTACTTACGAGAACAACACTTGGGTGAATCAAACATATGTTAACATCAGCAATACTAACT : 220
Gs-GD-1-96 : AATTCAGACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCATGCAATCAAAGCATTATTACTTATGAAAACAACACCTGGGTAAATCAAACATATGTCAACATCAGCAATACCAATT : 220
Ck-Hubei-w : ATTTCAGACAGGGAATCAACACCAGGCTGAACCATGCAATCAAAGCATTATTACTTATGAAAACAACACCTGGGTAAATCAGACATATGTCAACATCAGCAATACCAATT : 220
Dk-Guangxi : AATTCAGACAAGGAACCAACACCAAGCTGAACCATGCAATCAAAGCATCATTACTTATGAAAACAACACCTGGGTAAATCAGACATATGTCAACATCAGCAATACCAATT : 220
Dk-HK-2986 : AATTCAGACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCATGCAATCAAAGCATTATTACTTATGAAAACAACACCTGGGTAAATCAGACATATGTCAACATCAGCAATACCAATT : 220
Dk-GD-07-2 : AATTCAGACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCATGCAATCAAAGCATTATTACTTATGAAAACAACACCTGGGTAAATCAGACATATGTCAACATCGGCAATACCAATT : 220
Ck-HK-YU56 : AATTCAGAAAATGAACCAACACCAAACTGAACCATGCAATCAAAGCATCATTACTTATGAAAACAACACCTGGGTAAATCAGACATATGTCAACATCAGCAATACCAATT : 220
Dk-Fujian- : AATTCAGACAGGGAATCAACACCAAACTGAACCATGCAATCAAAGCATTATTACTTATGAAAACAACACCTGGGTAAATCAGACATATGTCAACATCAGCAATACCAATT : 220
Ck-HK-220- : AATTCAAACTTGGCATCCAAACCAGCCTGAACCATGCAATCAAAGC---------------------------------------------------------ATCAATT : 163
HK-486-97A : AATTAAAACTTGGCACCCAAACCAGCCTGAACCATGCAACCAAAGC---------------------------------------------------------ATCAATT : 163
HK-482-97A : AATTAAAACTTGGCACCCAAACCAGCCTGAACCATGCAATCAAAGC---------------------------------------------------------ATCAATT : 163
HK-538-97A : AATTAAAACTTGGCACCCAAACCAGCCTGAACCATGCAAACAAAGC---------------------------------------------------------ATCAATT : 163
HK-491-97A : AATTCAAGCTTGGCATCCAAACCAGCCTGAACCATGCAATCAAAGC---------------------------------------------------------ATCAATT : 163
HK-503-97A : AATTCAAGCTTGGCATTCAAACCAGCCTGAACCATGCAATCAAAGC---------------------------------------------------------ATCAATT : 163
Ck-VN-HG4- : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Ck-VN-29-0 : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAGCCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATC : 160
VN-HG-207- : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
VN-HG-178- : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Ck-VN-CT-0 : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Ck-VN-TG-0 : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Ck-VN-DT-1 : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Ck-VN-30-0 : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Ck-VN-5-03 : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Dk-VN-11-0 : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Ck-VN-NCVD : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
VN-CL2009- : AATTAACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATGCTAATT : 160
MDk-VN-145 : AATTCAGACAGGGAATCAACACCAAGTTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Dk-VN-HaiP : AATTCAAACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGAAATACTAATT : 160
Dk-VN-50-0 : AATTCAGACAGGGAATCAAAACCAAGTTGAGCCA------------------------------------------------------------ATCATCAATACTAATT : 160
Dk-VN-BL-0 : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAGCCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Dk-VN-17A- : AATTCACACAGGGAATCAACACCAAGCTGAGCCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Ck-VN-NCVD : AATTCAGACAGAGAATCAATGCCAAGCTGAATCG------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAAAT : 160
Ck-Indo-BL : AATTCAGACAGGGAATCAACACCAAGCTGAATCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAACC : 160
Ck-Thailan : AATTCACACAGGGAATCAACACAAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Ck-TL-CK-1 : AATTCACACAGGGAATCAACAGAAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Ck-Guangxi : AATTCAGACAGGGAATCTAAACCAAGTTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACTAATT : 160
Ck-TL-NP-1 : AATTCAAACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGAAATACTAATT : 160
Dk-TL-KU-5 : AATTCAAACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGAAATACTAATT : 160
Ck-Hunan-8 : AATTCAAACAGGGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGAAATACTAATT : 160
Dk-Hubei-4 : AATTCAGACAGAGAATCAACACCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAATACCAATT : 160
Ck-India-N : AGTTCAGACAATGAATCAACGCCAAGCTGAACCA------------------------------------------------------------ATCAGCAGTAGCAAAT : 160
Các chủng Hồng Kông (1997)
C
ác
ch
ủ
n
g
tr
ư
ớ
c
20
03
C
ác
ch
ủ
n
g
20
03
-2
0
09
C
ác
ch
ủ
n
g
tr
ư
ớ
c
20
03
C
ác
ch
ủ
n
g
20
03
-2
0
09
B. ĐỘT BIẾN TRƯỢT-XÓA AMINO ACID TRONG CHUỖI POLYPEPTIDE CỦA N1
* 20 * 40 * 60 * 80 * 100 *
Ck-Scotlan : MNPNQKIITIGSICMIVGIISLILQIGNIISIWVSHSIQTGNQNQPEICNQSIITYENNTWVNQTYVNISNTNFVTEQALAPVALAGNSSLCPISGWAIYSKDNGIRIGS : 110
Gs-GD-1-96 : MNPNQKIITIGSICMVVGIISLMLQIGNIISIWVSHSIQTGNQHQAEPCNQSIITYENNTWVNQTYVNISNTNFLTEKAVASVTLAGNSSLCPISGWAVHSKDNGIRIGS : 110
Ck-Hubei-w : MNPNQKITTIGSICMVLGIVSLMLQMGNIISIWVSHSFQTGNQHQAEPCNQSIITYENNTWVNQTYVNISNTNFLTEKAVASVTLAGNSSLCPISGWAVYSKDNGIRIGS : 110
Dk-Guangxi : MNPNQKIITIGSICMVIGMVSLVLQIGNMISIWASHSIQTRNQHQAEPCNQSIITYENNTWVNQTYVNISNTNFLTEKAVASITLSGNSSLCPISGWAVYSKDNGIRIGS : 110
Dk-HK-2986 : MNPNQKIITIGSICMVIGIVSLMLQIGNIISIWVSHSIQTGNQHQAEPCNQSIITYENNTWVNQTYVNISNTNFLTEKAVASVTLAGNSSLCPISGWAVYSKDNGIRIGS : 110
Dk-GD-07-2 : MNPNQKIITIGSICMVIGIVSLMLQIGNIISIWVSHSIQTGNQHQAEPCNQSIITYENNTWVNQTYVNIGNTNFLTEKAVASVTLAGNSSLCPISGWAVYSKDNGIRIGS : 110
Ck-HK-YU56 : MNPNQKIMTIGSICMVIGMISLVLQIGNMISIWASHSIQKMNQHQTEPCNQSIITYENNTWVNQTYVNISNTNFLTEKVVASIALSGNSSLCPISGWAVYSKDNGIRIGS : 110
Dk-Fujian- : MNPNQKITTIGSICMVIGIVSLMLQIGNIISIWVSHSIQTGNQHQTEPCNQSIITYENNTWVNQTYVNISNTNFLTEKAVASVTLAGNSSLCPISGWAVYSKDNGIRIGS : 110
Ck-HK-220- : MNPNQKIITIGSICMVVGIISLMLQIGNIISVWVSHIIQTWHPNQPEPCNQS-------------------INFYTEQAAASVTLAGNSSLCPISGWAIYSKDNSIRIGS : 91
HK-486-97A : MNPNQKIITIGSICMVVGIINLMLQIGNTISVWVSHIIKTWHPNQPEPCNQS-------------------INFYTEQAAASVTLAGNSSLCPISGWAIYSKDNSIRIGS : 91
HK-482-97A : MNPNQKIITIGSICMVVGIISLMLQIGNTISVWVSHIIKTWHPNQPEPCNQS-------------------INFYTEQAAASVTLAGNSSLCPISGWAIYSKDNSIRIGS : 91
HK-538-97A : MNPNQKIITIGSICMVVGIISLMLQIGNTISVWVSHIIKTWHPNQPEPCKQS-------------------INFYTEQAAASVTLAGNSSLCPISGWAIYSKDNSIRIGS : 91
HK-491-97A : MNPNQKIITIGSICMVVGIISLMLQIGNIISVWVSPIIQAWHPNQPEPCNQS-------------------INFYTEQAAASVTLAGNSSLCPISGWAIYSKDNSIRIGS : 91
HK-503-97A : MNPNQKIITIGSICMVVGIISLMLQIGNIISVWVSHIIQAWHSNQPEPCNQS-------------------INFYTEQAAASVTLAGNSSLCPISGWAIYSKDNSIRIGS : 91
Ck-VN-HG4- : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQVGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFLNEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Ck-VN-29-0 : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQVGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNLLTEKAVASVKIVGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
VN-HG-207- : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQVGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFLNEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
VN-HG-178- : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQVGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFLTEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Ck-VN-CT-0 : MNPNQKIITIGSICMVTGIVNLMLQVGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFLTEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Ck-VN-TG-0 : MNPNQKIITIGSICMVTGIVNLMLQVGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFLTEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Ck-VN-DT-1 : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQLGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFLTEKAVASVKLTGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Ck-VN-30-0 : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQVGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFLIEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Ck-VN-5-03 : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQIGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFLTEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Dk-VN-11-0 : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQIGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFLTEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Ck-VN-NCVD : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQVGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFLTEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
VN-CL2009- : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQVGNMISIWVSHSINTGNQHQAEP--------------------ISNANFLTEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
MDk-VN-145 : MNPNQKIITIGSICMVIGIVSLMLQIGNMISIWISHSIQTGNQHQVEP--------------------ISNTNFLTEKAVASVTLAGNSSLCPIRGWAVHSKDNSIRIGS : 90
Dk-VN-HaiP : MNPNQKIITIGSICMVIGIVSLMLQIGNMISIWVSHSIQTGNQHQAEP--------------------IRNTNFLTENAVASVTLAGNSSLCPIRGWAVHSKDNSIRIGS : 90
Dk-VN-50-0 : MNPNQKIITIGSICMVIGIVSLMLQIGNMISIWVSHSIQTGNQNQVEP--------------------IINTNFLTEKAVASITLAGNSSLCPIRGWAIHSKDNSIRIGS : 90
Dk-VN-BL-0 : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQVGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFLTEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Dk-VN-17A- : MNPNQKIITIGSICMVTGIVSLMLQVGNMISIWVSHSIHTGNQHQAEP--------------------ISNTNFPTEKAVASAKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Ck-VN-NCVD : MNPNQKIITIGSICVVIGIVSLMLQIGNMISIWVSHSIQTENQCQAES--------------------ISNTKFLTEKAVASVTLMGNSSLCPISGWAVHSKDNSIRIGS : 90
Ck-Indo-BL : MNPNQKIITIGSICMVIGIVSVMLQIGNMISIWVSHSIQTGNQHQAES--------------------ISNTNPLTEKAVASVTLAGNSSLCPIRGWAVHSKDNSIRIGS : 90
Ck-Thailan : MNPNQKIITIGSICMVTGMVSLMLQIGNLISIWVSHSIHTGNQHKAEP--------------------ISNTNFLTEKAVASVKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Ck-TL-CK-1 : MNPNKKIITIGSICMVTGMVSLMLQIGNLISIWVSRSIHTGNQQKAEP--------------------ISNTNFLTEKAVASAKLAGNSSLCPINGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Ck-Guangxi : MNPNQKIITIGSICMVIGIVSLMLQVGNMISIWVSHSIQTGNLNQVEP--------------------ISNTNFLTEKAVASVTLAGNSSLCPIRGWAIHSKDNSIRIGS : 90
Ck-TL-NP-1 : MNPNQKIITIGSICMVIGIVSLMLQIGNMISIWVSHSIQTGNQHQAEP--------------------IRNTNFLTENAVASVTLAGNSSLCPIRGWAVHSKDNSIRIGS : 90
Dk-TL-KU-5 : MNPNQKIITIGSICMVVGIVSLMLQIGNMISIWVSHSIQTGNQHQAEP--------------------IRNTNSLTENAVASVTLAGNSSLCPIRGWAVHSKDNSIRIGS : 90
Ck-Hunan-8 : MNPNQKIITIGSVCVIIGIVSLMLQIGNMISIWVSHSIQTGNQHQAEP--------------------IRNTNFLTESAVASVTLAGNSSLCPIRGWAVHSKDNSIRIGS : 90
Dk-Hubei-4 : MNPNRKIITIGSICMVIGIVSLMLQIGNIISIWVSHSIQTENQHQAEP--------------------ISNTNFLTEEAVASVTLAGNSSLCPISGWAVHSKDNGIRIGS : 90
Ck-India-N : MNPNQKIITIGSICMVIGIVSLMLQIGNVISIWVSHSVQTMNQRQAEP--------------------ISSSKFHAEKAVASVTLAGNSSLCPISGWAVYSKDNSIRIGS : 90
Các chủng
Hồng Kông
(1997)
C
ác
ch
ủ
n
g
tr
ư
ớ
c
20
03
C
ác
ch
ủ
n
g
20
03
-2
0
09
C
ác
ch
ủ
n
g
tr
ư
ớ
c
20
03
C
ác
ch
ủ
n
g
20
03
-2
0
09
Phụ lục 7: SO SÁNH TRÌNH TỰ THÀNH PHẦN NUCLEOTIDE VÀ AMINO
ACID CÁC GEN POLYMERASE GIỮA CHỦNG CKHG4 VỚI CÁC CHỦNG
VIỆT NAM VÀ THẾ GIỚI
(Dấu (.) biểu thị giống với nucleotide/amino acid của chủng CkHG4; sai khác của các chủng so với chủng CkHG4
biểu thị bằng chính ký hiệu nuleotide/chữ cái (1 chữ cái) của chúng)
A. GEN PB2
a. Nucleotide (rút gọn)
* 20 * 40 * 60 * 80 * 100 *
Ck-VN-HG4- : ATGGAGAGAATAAAAGAATTACGAGATCTAATGTCACAGTCCCGCACTCGCGAGATACTAACAAAAACCACTGTGGACCATATGGCCATAATCAAGAAATACACATCAGGAAGACAAG : 118
Ck-VN-29-0 : ...................................................................................................................... : 118
Dk-HG-07-1 : ...................................................................................................................... : 118
Dk-VN-1771 : ...................................................................................................................... : 118
Ck-VN-CT-0 : ...................................................................................................................... : 118
Ck-VN-TG-0 : ...................................................................................................................... : 118
Dk-VN-1231 : ...................................................................................................................... : 118
Ck-VN-36-0 : ...................................................................................................................... : 118
VN-1203-04 : ...................................................................................................................... : 118
Ck-VN-NB-2 : .....................A.......................................................T...................................G.... : 118
Ck-VN-LS-2 : .....................A.......................................................T...................................G.... : 118
VN-CL2009- : ...................................................................................................................... : 118
Ck-VN-NCVD : ...................................................................................................................... : 118
Dk-VN-HaiP : .....................A.......................................................T...................................G.... : 118
MDk-VN-145 : ..................C..A.........................C...........G..................................................G....... : 118
Dk-VN-BL-0 : ..................C...................A............................................................................... : 118
Ck-VN-NCVD : ......................................A............................................................................... : 118
Dk-VN-50-0 : ------.......T.......A................................................................................................ : 112
Dk-Guangxi : .....................A.....T.......G.............................G..............C..A..T.......................T....... : 118
Ck-GD-178- : .....................A................................................................................................ : 118
Ck-Guangxi : .....................A................................................................................................ : 118
Ck-TL-NP-1 : .....................A................................................................................................ : 118
Ck-EastJav : .....................A................A..T............................................................................ : 118
Dk-TL-KU-5 : .....................A.........................A......................................A............................... : 118
Ck-Hunan-8 : .....A...............A................................................................................................ : 118
Ck-Laos-1- : .....................A.G..........................................................................G................... : 118
Dk-Hubei-4 : .....................A.....T.......G.............................G..............C.....T.......................T....... : 118
20 * 140 * 160 * 180 * 200 * 220 *
Ck-VN-HG4- : AGAAGAACCCTGCTCTCAGAATGAAATGGATGATGGCAATGAAATATCCAATCACAGCGGACAAGAGAATAATAGAGATGATTCCTGAAAGGAATGAACAAGGGCAGACGCTCTGGAG : 236
Ck-VN-29-0 : ..................................................................................A................................... : 236
Dk-HG-07-1 : ..................................................................................A................................... : 236
Dk-VN-1771 : ...................................................................................................................... : 236
Ck-VN-CT-0 : ...................................................................................................................... : 236
Ck-VN-TG-0 : ...................................................................................................................... : 236
Dk-VN-1231 : ...................................................................................................................... : 236
Ck-VN-36-0 : ...................................................................................................................... : 236
VN-1203-04 : ...................................................................................................................... : 236
Ck-VN-NB-2 : ....A..T.........................................G.................................................................... : 236
Ck-VN-LS-2 : .......T.........................................G.................................................................... : 236
VN-CL2009- : ..............................................C....................................................................... : 236
Ck-VN-NCVD : ...................................................................................................................... : 236
Dk-VN-HaiP : .......T.........................................G.................................................................... : 236
MDk-VN-145 : .A...........C............................................A..............G........C......C..........G..A..A.....T..... : 236
Dk-VN-BL-0 : ..........................................................A.......................C................................... : 236
Ck-VN-NCVD : ..........................................................A.......................C................................... : 236
Dk-VN-50-0 : .......T......................................C..G..........................A.....C................................... : 230
Dk-Guangxi : ..............................................C.....A.....A..............G................................A.....T..... : 236
Ck-GD-178- : .............................................................T........................................................ : 236
Ck-Guangxi : .................................................G.................................................................... : 236
Ck-TL-NP-1 : .......T.........................................G.................................................................... : 236
Ck-EastJav : .............................................................T........................................................ : 236
Dk-TL-KU-5 : .......T........A................................G.................................................................... : 236
Ck-Hunan-8 : .......T...................................G.....G.................................................................... : 236
Ck-Laos-1- : ........................................................................C............................................. : 236
Dk-Hubei-4 : ..............................................C.....A.....A..............G................................A.....T..... : 236
* 960 * 980 * 1000 * 1020 * 1040 * 1060
Ck-VN-HG4- : GGGTCTGAGGATCAGTTCTTCCTTTAGCTTTGGAGGCTTCACTTTCAAAAGAACAAGTGGATCATCCGTCAAGAAGGAAGAGGAAGTGCTTACAGGCAACCTCCAAACATTGAAAATA : 1062
Ck-VN-29-0 : ...................................................................A......................C........................... : 1062
Dk-HG-07-1 : ....A..............................................................A......................C........................... : 1062
Dk-VN-1771 : ...................................................................A.................................................. : 1062
Ck-VN-CT-0 : ...................................................................................................................... : 1062
Ck-VN-TG-0 : ...................................................................................................................... : 1062
Dk-VN-1231 : ...................................................................A.................................................. : 1062
Ck-VN-36-0 : ...................................................................................................................... : 1062
VN-1203-04 : ......T............................................................................................................... : 1062
Ck-VN-NB-2 : ..................A.................T..................................C.....................G........................ : 1062
Ck-VN-LS-2 : ..................A.................T..................................C.....................G........................ : 1062
VN-CL2009- : .......................................................................................A.............................. : 1062
Ck-VN-NCVD : ....A..............................................G...............A.................................................. : 1062
Dk-VN-