Luận án Vai trò của trình tự Amino Acid kỵ nước và phân cực đối với cơ chế cuốn Protein và sự kết tụ của Peptide - Nguyễn Bá Hưng

Mục lục

Danh mục các kí hiệu, các chữ viết tắt V

Danh mục các bảng vi

Danh mục các hình vê, đồ thị xiv

Mở đầu 1

1 Sự cuốn của protein 8

1.1 Các đặc trưng cấu trúc cùa protein 8

1.2 Hiện tượng cuốn protein 10

1.3 Nghịch lý Levinthal 11

1.4 Phễu cuốn 12

1.5 Nguyên lý thất vọng tối thiểu 13

1.6 Mô hình hai trạng thái cho cơ chế cuốn protein 14

1.7 Tính hợp tác của quá trình cuốn 16

1.8 Tương tác kỵ nước 18

1.9 Mô hình HP mạng 19

l.lOMô hình Go . 21

1.11 Mô hình ống 22

1.12Kết luận 25

2 Sự hình thành amyloid 27

2.1 Cấu trúc sợi amyloid 28

2.2 Cơ chế hình thành sợi amyloid 30

2.3 Kết luận 35

3 Các mô hình và phương pháp mô phỏng 37

3.1 Mô hình ống HP 37

3.1.1 Tính chất tự tránh dạng ống 38

3.1.2 Thế năng bẻ cong 39

3.1.3 Hệ tọa độ FYenet 39

3.1.4 Liên kết hydro 40

3.1.5 Tương tác kỵ nước 42

3.2 Mô hình ống Go 43

3.3 Mô hình ống với tính định hướng của các chuỗi bẽn 43

3.4 Các thông số cấu trúc protein 45

3.5 Phương pháp mô phỏng Monte Carlo 45

3.5.1 Thuật toán Metropolis 46

3.5.2 Các phép dịch chuyển Monte Carlo cho protein 48

3.6 Phương pháp diều nhiệt song song 49

3.7 Phương pháp phân tích đa biểu đồ có trọng số 51

3.8 Kết luận 54

4 Vai trò của trình tự amino acid kỵ nước và phân cực đối với

cơ chế cuốn của protein 55

4.1 Nhiệt dộng lực học cuốn protein trong mô hình ống HP 55

4.2 Nhiệt dộng lực học cuốn protein trong mô hình ống Go 61

4.3 Chuyển pha cuốn trong mô hình ống HP và mô hình ống Go . . . 62

4.4 Anh hưởng cường độ tương tác kỵ nước lên tính chất cuốn . 70

4.5 Kết luận 74

5 Vai trò của trình tự amino acid kỵ nước và phân cực đối với

sự kết tụ của peptide 75

5.1 Sự phụ thuộc của các cấu trúc kết tụ vào trình tự HP 76

5.2 Nhiệt động lực học cùa quá trình kết tụ 79

5.3 Dộng học cùa quá trình hình thành sợi 82

5.4 Sự kết tụ của hệ peptide hồn hợp 87

5.5 Thảo luận 89

5.6 Kết luận 92

Kết luận 94

Danh mục công trình của tác giả