Luận văn Nghiên cứu xạ khuẩn streptosporangium phân lập từ vườn quốc gia Cát Tiên

MỤC LỤC

Trang

TRANG PHỤBÌA

LỜI CÁM ƠN

DANH MỤC CÁC CHỮVIẾT TẮT

DANH MỤC CÁC BẢNG VÀ HÌNH ẢNH

MỞ ĐẦU . 01

CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU. 02

1.1. Đặc điểm . 03

1.1.1. Phân loại . 03

1.1.2. Đặc điểm sinh thái. 03

1.1.3. Đặc điểm bộgen và tính bất ổn định vềdi truyền . 04

1.1.4. Hợp chất biến dưỡng thứcấp ởxạkhuẩn . 06

1.2. Xạkhuẩn Streptosporangium. 08

1.2.1. Đặc điểm phân loại. 08

1.2.2. Đặc điểm chung . 14

1.2.3. Sựhình thành bào tử ở Streptosporangium. 14

1.2.4. Đặc điểm sinh thái. 15

1.2.5. Hợp chất biến dưỡng thứcấp có hoạt tính sinh học từ

Streptosporangium. 15

1.2.6. Lý do chọn Streptosporangium làm đối tượng nghiên cứu của đềtài . 16

CHƯƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP . 18

2.1. Vật liệu. 19

2.1.1. Thiết bị, dụng cụ. 19

2.1.2. Hoá chất . 20

2.1.3. Môi trường. 24

2.1.4. Vật liệu sinh học . 28

2.1.5. Địa điểm tiến hành thí nghiệm. 30

2.2. Phương pháp . 30

2.2.1. Thu và chuẩn bịmẫu đất . 30

2.2.2. Xác định hàm lượng hữu cơ. 31

2.2.3. Phương pháp phân lập xạkhuẩn Streptosporangium. 31

2.2.4.Làm tiêu bản mẫu và chụp hình dưới kính hiển vi. 32

2.2.5. Thửnghiệm khảnăng sinh kháng sinh của các chủng xạkhuẩn

Streptosporangiumphân lập . 33

2.2.6. Tách chiết bộgen xạkhuẩn . 35

2.2.7. Thu nhận gen 16S rRNA bằng phương pháp PCR . 36

2.2.8. Tạo dòng sản phẩm PCR của bộgen 16S rRNA . 37

2.2.9. Giải trình tựgen 16S rRNA và xây dựng cây phát sinh loài . 40

CHƯƠNG 3: KẾT QUẢVÀ BIỆN LUẬN. 41

3.1. Kết quảphân lập xạkhuẩn Streptosporangiumtừmẫu đất Vườn quốc gia Cát Tiên . 42

3.2. Đặc điểm hình thái thô đại và hiển vi điển hình của Streptosporangiumcủa

các chủng phân lập Streptosporangiumdựtuyển . 44

3.3. Đặc điểm phân bốcủa xạkhuẩn Streptosporangiumphân lập được tại

Vườn quốc gia Cát Tiên . 55

3.4. Đặc điểm tăng trưởng và hình thái của các chủng Streptosporangiumdự

tuyển trên các môi trường thạch khác nhau . 56

3.5. Nuôi cấy và thửnghiệm khảnăng tạo kháng sinh của các chủng xạkhuẩn

trên môi trường lỏng . 60

3.5.1. Thửnghiệm hoạt tính kháng sinh từdịch nuôi cấy. 60

3.5.2. Thửnghiệm hoạt tính kháng sinh của dịch chiết xuất xạkhuẩn . 61

3.6. Thu nhận và tạo dòng gen 16S rRNA của các chủng Streptosporangiumphân lập . 68

3.7. Giải trình tựgen 16S rRNA và định danh các chủng Streptosporangium . 70

3.7.1. Trường hợp chủng CAT-1.20 . 70

3.7.2. Trường hợp chủng CAT-1.21 . 72

3.7.3. Trường hợp chủng CAT-1.22 . 74

3.7.4. Trường hợp chủng CAT-7.32 . 76

3.7.5. Trường hợp chủng CAT-23.25 . 78

3.7.6. Trường hợp chủng CAT-23.26 . 80

3.7.7. Trường hợp chủng CAT-56.54 . 82

3.7.8. Trường hợp chủng CAT-58.56 . 84

3.7.9. Trường hợp chủng CAT-63.46 . 86

CHƯƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ ĐỀNGHỊ. 89

4.1. Kết luận . 90

4.2. Đềnghị. 90

TÀI LIỆU THAM KHẢO . 91

PHỤLỤC KẾT QUẢ. i