Luận văn Xác định gen kháng ceftriaxone ở vi khuẩn shigella sonnei phân lập từ các mẫu bệnh phẩm

MỤC LỤC

DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, TỪ VIẾT TẮT . i

DANH MỤC CÁC BẢNG . iii

DANH MỤC CÁC SƠ ĐỒ VÀ BIỂU ĐỒ . iv

DANH MỤC CÁC HÌNH. v

MỞ ĐẦU .

1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1. Phân loại . 3

1.2. Hình thái, cấu trúc và một số đặc điểm sinh hóa. 4

1.3. Tình hình nhiễm Shigella trên thế giới và ở Việt Nam . 5

1.3.1. Tình hình nhiễm Shigella trên thế giới . 5

1.3.2. Tình hình nhiễm Shigella ở Việt Nam . 6

1.4. Sự lây nhiễm và con đường lan truyền bệnh . 9

1.5. Đáp ứng miễn dịch của cơ thểđối với sự xâm nhiễm của Shigella. 11

1.6. Các phương pháp chẩn đoán . 12

1.6.1. Chẩn đoán lâm sàng . 12

1.6.2. Phòng thí nghiệm. 12

1.7. Các phương pháp điều trị . 12

1.8. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella trên thế giới và ở Việt Nam14

1.8.1. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella trên thế giới . 14

1.8.2. Tình hình kháng kháng sinh của Shigella ở Việt Nam . 15

1.9. Ceftriaxone và cơ chế kháng ceftriaxone của vi khuẩn . 16

1.9.1. Ceftriaxone . 16

1.9.2. Cơ chế kháng ceftriaxone của vi khuẩn . 17

1.10. Enzyme ß-lactamase và ß-lactamase phổ rộng . 18

1.10.1.Giới thiệu . 18

1.10.2.Các phương pháp phát hiện vi khuẩn sinh enzyme ß-lactamase phổ rộng. . 23

2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP

2.1. Thiết bị. 28

2.2. Hóa chất. 29

2.2.1. Hóa chất tách chiết DNA bộ gen . 29

2.2.2. Hóa chất tách chiết DNAplasmid. 29

2.2.3. Hóa chất dùng trong điện di DNA. 29

2.2.4. Hóa chất dùng trong phản ứng PCR . 30

2.2.5. Hóa chất dùng để tinh sạch sản phẩm của phản ứng PCR. 30

2.2.6. Hóa chất dùng trong giải trình tự . 31

2.2.7. Hóa chất dùng trong lai Southern Blot . 31

2.2.8. Thang DNA. 33

2.3. Môi trường. 33

2.3.1. Môi trường LB . 33

2.3.2. Môi trường LB Agar . 34

2.3.3. Môi trường NA . 34

2.3.4. Môi trường MH. 34

2.3.5. Môi trường MC . 34

2.3.6. Môi trường XLD . 35

2.3.7. Môi trường SB . 35

2.4. Phương pháp. 36

2.4.1. Phân lập và định danh S. sonnei.36

2.4.2.Xác định kháng sinh đồ và nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) của S. sonnei CroR

đối với 1 số kháng sinh . 40

2.4.3. Xác định khả năng sinh ESBL của S. sonnei kháng ceftriaxone. 41

2.4.4. Tách chiết vật liệu ditruyền của vi khuẩn S. sonnei. 42

2.4.5. Tạo dòng gen kháng ceftriaxone. 44

2.4.6. Khuếch đại đoạn gen mã hóa ESBL bằng phản ứng PCR . 45

2.4.7. Tinh chế sản phẩm khuếch đại. 47

2.4.8. Giải trình tự sản phẩm khuếch đại . 47

2.4.9. Chuyển plasmid mang gen mã hóa ESBL vào E. coli J53AzRbằng tiếp hợp . 48

2.4.10.Lai Southern Blot sản phẩm khuếch đạivới các plasmid . 49

3. KẾT QUẢ VÀ BIỆN LUẬN

3.1. Kháng sinh đồ của S. sonnei CroR. 54

3.2. Kiểu hình tạo ESBL của S. sonnei CroR. 57

3.3.Plasmid của S. sonnei kháng với ceftriaxone và S. sonneinhạy với ceftriaxone . 60

3.4. Tạo dòng chủng E. coli mang gen kháng ceftriaxone. 62

3.4.1. Cắt plasmid bằng AluI và cắt pUC19 bằng SmaI . 62

3.4.2. Tạo dòng chủng E. coli mang gen kháng ceftriaxone. 63

3.5. Kết quả PCR gen mã hóa ESBL. 64

3.6. Trình tự gen mã hóa ESBL . 67

3.7. Kết quả chuyển plasmid mang gen mã hóa ESBL từ S. sonnei kháng

ceftriaxone sang E. coliJ53AzRbằng tiếp hợp . 70

3.8. Kết quả lai SouthernBlot . 72

4. KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ

4.1. Kết luận . 74

4.2. Đề nghị. 75

TÀI LIỆU THAM KHẢO . 76

PHỤ LỤC