Tóm tắt Luận án Đánh giá nguồn gen và phân tích chỉ thị phân tử liên quan tính trạng năng suất trứng ở giống gà Liên Minh

541G F: GGCTCTCCATGGGTATTAGGA R: GCTGGTGAACCA ATCTCGGTT 58 718 Li et al, 2008 GHRi5 C571T F: ACGAAAAGTGTTTCAGTGTTGA R: TTTATCCCGTGTTCTCTTGACA 60 750 Li et al, 2008 F: Mồi xuôi R: Mồi ngược Thành phần của phản ứng cắt (tổng thể tích một phản ứng 15 µl): nước deion (2,5 µl), đệm cắt 10X (1,5 µl), sản phẩm PCR (10 µl), enzym cắt hạn chế (10U), thời gian ủ là 16 giờ,nhiệt độ ủ tương ứng với từng enzyme cắt (Bảng 2.4). Bảng 2.4. Thông tin về phản ứng enzyme cắt hạn chế (RE) Locus Đa hình RE Số hiệu GenBank Kích thước sản phẩm cắt [bp] Nhiệt độ cắt [oC] Hãng sản xuất PRL C-2402T (PRL5) AluI AB011438 439/304/160/144/81/54 37 Thermo, Mỹ – 358/ chèn/xóa 24 bp (PRL24) - AF288765 154/130 37 Thermo, Mỹ C2161G Csp6I AB011438 439/405/34 37 Thermo, Mỹ VIP C+338T HinfI NC_006090 520/480/40 37 Thermo, Mỹ G5138982T ApoI NC_006090 520/486/34 37 Thermo, Mỹ 6 VIPR1 C1715301T TaqI NC_006089 486/310/176 65 Thermo, Mỹ C1704887T HhaI NC_006089 434/253/181 37 Thermo, Mỹ NPY Chèn/xóa 4 bp tại 3139135 DraI M87298 248(252) 167/81 37 Thermo, Mỹ C31394761T KpnI GI:35797382 9 324/200/124 200/124 37 Thermo, Mỹ GH C-2983T SacI JN675393 1164/1020/ 570/450/144 37 Thermo, Mỹ GHR C571T (intron 5) NspI NC_006127 750/550/200 37 Thermo, Mỹ GHR A294-541G (intron 2) HinIII NC_006127 718/428/290 258/170/290 37 Thermo, Mỹ 2.1.2. Các hóa chất -Hóa chất được dùng trong nghiên cứu sinh học phân tử của các hãng Sigma (Đức), Merck (Đức), Thermo (Mỷ). 2.1.3. Máy móc thiết bị sử dụng Máy PCR Eppendorf AQ mastercycle 5332YN056927 (Đức), máy điện di ngang FCIE-PLAS-HU1030012479 (Anh), máy ổn nhiệt (JSR-JSWB22T-Hàn Quốc), tủ lạnh bảo quản 40C (Panasonic - Nhật Bản), máy soi gel (UVP-M-26V/P/N95-0458- 02, Mỹ), máy ly tâm lạnh (HETTICH-UNI version 320R, Đức), Máy đo áp lực võ trứng, Thiết bị đo quang phổ Nano Drop. 2.2. NỘI DUNG NGHIÊN CỨU - Nội dung 1: Đánh giá đa dạng di truyền gà Liên Minh dựa trên ADN ty thể - Nội dung 2: Phân tích mối liên quan giữa các chỉ thị di truyền và tính trạng sản xuất trứng ở giống gà Liên Minh + Thí nghiệm 1: Xác định các chỉ số liên quan đến tính trạng sản xuất trứng ở 90 cá thể gà mái Liên Minh; + Thí nghiệm 2: Xác định tần số alen/kiểu gen tại các gen ứng viên (PRL, VIP, VIPR1,NPY, GH và GHR) liên quan tính trạng năng suất trứng; Xác định mối liên quan giữa các gen ứng viên và tính trạng sản lượng trứng ở gà Liên Minh. 2.3. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.3.1. Phương pháp thu mẫu máu Mẫu máu gà Liên Minh được lấy bằng xylanh 5 ml từ tĩnh mạch cánh, rồi nhanh chóng chuyển sang ống đựng máu chứa chất chống đông EDTA-K. Bảo quản ống máu ở 4ºC, đưa về phòng thí nghiệm bảo quản ở -20ºC. 2.3.2. Phương pháp tách ADN hệ gen từ máu ADN hệ gen được tách chiết từ các mẫu máu theo phương pháp của Ausubel và cộng sự (1995). 2.3.3. Phương pháp nhân đoạn ADN bằng phản ứng chuỗi polymerase (PCR) Để đánh giá đa dạng nguồn gen và kiểm tra các đa hình gen, trước tiên phải khuếch đại các đoạn ADN: D-loop, PRL, VIP, VIPR1, NPY, GH và GHR sử dụng các cặp mồi đặc hiệu (Mullis, 1990). 7 2.3.4. Phương pháp tinh sạch PCR và giải trình tự gen Tinh sạch đoạn ADN để giải trình tự: Quy trình tinh sạch được sử dụng bộ kit QIAquick PCR Purification Kit (QIAGEN). Sản phẩm sau khi tinh sạch được gửi giải trình tự gen trên máy đọc tự động ABI- 3100 Avant Gentic Analyzer của công ty Macrogen (Hàn Quốc). 2.3.5. Phương pháp phân tích đa hình gen ứng viên Đa hình các gen PRL, VIP, VIPR1,NPY, GH và GHR được xác định bằng kỹ thuật PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism) với enzyme cắt đặc hiệu thích hợp. 2.3.6. Đánh giá các chỉ tiêu liên quan tính trạng sinh trưởng và sinh sản ở gà Các chỉ tiêu liên quan đến khả năng sản xuất trứng được theo dõi theo mô tả của Bùi Hữu Đoàn và cộng sự (2011) bao gồm: Tuổi đẻ quả trứng đầu (ngày), khối lượng quả trứng đầu tiên (gram), năng suất trứng (tổng số lượng quả trứng/ mái/ 20 tuần) khối lượng trứng (gram) và chỉ số hình dạng trứng (kích thước đường kính lớn/đường kính nhỏ D/R). 2.3.7. Khối lượng cơ thể Khối lượng cơ thể gà Liên Minh được cân vào thứ sáu hàng tuần vào 19 giờ, khi gà lên chuồng, sử dụng cân đồng hồ có độ chính xác 5 g. 2.3.8. Phương pháp xử lý số liệu Trình tự nucleotide vùng D-loop gen ty thể gà được xử lý bằng chương trình phần mềm ClustalX 2.0.11, Bioedit 5.0 (Hall, 1999). Xác định, phân tích các chỉ tiêu về đa dạng di truyền (số vị trí đa hình, số lượng haplotype, đa dạng haplotype, đa dạng nucleotide, phép kiểm tra Tajima) sử dụng phần mềm DnaSP V5 (Librado và Rozas, 2009), cây phả hệ di truyền xây dựng theo phương pháp Neighbor-Joining bằng phần mềm MEGA 6, với giá trị bootstrap 1.000 lần lấy mẫu thử (Tamura và cs., 2007). Các số liệu kiểu hình – kiểu gen (tần số alen, kiểu gen) được ghi lại bằng phần mềm Excel và xử lý theo phương pháp thống kê sinh học. Tần số alen được tính theo công thức: p= (2AA + AB) / 2N và q= (2BB+ AB) / 2N, trong đó p là tần số alen A, q là tần số alen B, còn N là tổng số mẫu nghiên cứu, cân bằng Hardy-Weinberg (HWE) được ước lượng bằng phương pháp của Rodriguez và cộng sự (2009). Tương quan giữa kiểu gen và các tính trạng năng suất trứng được tính toán dựa trên mô hình tuyến tính tổng quát (Genral Linear Model) của MiniTab 16.0. Yij = µ + Gi + ij, trong đó: Yij: Tính trạng quan sát; μ: Trung bình chung; Gi: Ảnh hưởng của kiểu gen; ij: Sai số ngẫu nhiên. 8 CHƯƠNG III. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 3.1. KẾT QUẢ PHÂN TÍCH ĐA DẠNG NGUỒN GEN GÀ LIÊN MINH 3.1.1. Tách chiết ADN hệ gen Để tiến hành đánh giá đa dạng di truyền gà Liên Minh dựa vào trình tự nucleotide vùng D-loop ADN ty thể, cần phải thu nhận được ADN hệ gen tách từ máu gà ở dạng tinh sạch và không đứt gãy. Bảng 3.1. Kết quả đo quang phổ ADN hệ gen Mẫu ADN OD260nm/280nm Nồng độ (ng/µl) Từ GLM01 đến GLM24 Từ 1,82 đến 1,99 Từ 100,56 đến 694,80 Từ GNN01 đến GNN06 Từ 1,81 đến 1,90 Từ 257,50 đến 428,96 Từ GDT01 đến GDT18 Từ 1,85 đến 1,97 Từ 225,60 đến 515,37 Bảng 3.1 cho thấy tỉ số OD260/280 của các mẫu ADN nằm trong khoảng 1,8 – 2,0, chứng tỏ ADN tách chiết được là tinh sạch, nồng độ ADN đạt từ 100,56 – 694,80 ng/µl vì vậy mẫu ADN hệ gen đảm bảo chất lượng để phục vụ các thí nghiệm tiếp theo. 3.1.2. Khuếch đại vùng D-loop ADN ty thể bằng phản ứng PCR Kết quả hình 3.2 cho thấy, sản phẩm ADN là một băng sáng, rõ nét và có kích thước phân tử khoảng 1300 bp (băng điện di nằm giữa hai băng ADN chuẩn 1000 bp và 1500 bp). Hình 3.2. Kết quả điện di sản phẩm PCR trên gel agarose 1% Giếng 1 → 9: Sản phẩm PCR của các mẫu gà Liên Minh, M: Thang ADN chuẩn 1kb (Merck) 3.1.3. Giải trình tự nucleotide vùng D-loop Kết quả giải trình tự nucleotide vùng D-loop gà Liên Minh đã được đăng ký trên GenBank với các mã số: Từ mã số KY172116 đến mã số KY172121 và từ mã số MH425591 đến mã số MH425608. 9 3.1.4. Phân tích đa hình nucleotide vùng D-loop của gà Liên Minh và một số gà bản địa có mã số trên Genbank 3.1.4.1. Phân tích mức độ đa dạng vùng D-loop Phần mềm DnaSP được sử dụng để phân tích đa hình nucleotide vùng D-loop gen ty thể gà Liên Minh. Các thông số phân tích bao gồm: Số vị trí đa hình (number of polymorphic sites – S); số lượng haplotype (number of haplotype - h); đa dạng haplotype (haplotype diversity - Hd); đa dạng nucleotide (nucleotide diversity - Pi); phép kiểm tra Tajima (Tajima’s test - D). Kết quả phân tích các thông số đa hình nucleotide (1050 bp) ở gà Liên Minh, các gà bản địa Việt Nam và các gà bản địa trên thế giới được thể hiện trên bảng 3.2. Bảng 3.2. Chỉ số đa dạng di truyền vùng D-loop gà Liên Minh (455 bp) và một số giống gà bản địa Giống N S h Hd Pi NC D Tham khảo Gà Liên Minh Liên Minh 24 23 12 0,913 0,007 4 0,187* Nghiên cứu này Đông Tảo 18 11 7 0,856 0,004 1 1,721* Nghiên cứu này Nhiều Ngón 6 4 3 0,867 0,002 1 0,562* Nghiên cứu này 3.1.4.2. Đa hình trình tự nucleotide vùng D-loop a. Phân tích đa hình trình tự nucleotide vùng D-loop giữa gà Liên Minh và các giống gà bản địa Việt Nam Kết quả phân tích cho thấy, có 21 vị trí đa hình thay thế nucleotide và không có đa hình chèn/xóa nucleotide khi so sánh với gà bản địa Việt Nam mang mã số GU564373 (gà Đông Tảo). Hình 3.4 cho thấy, trong 21 vị trí thay thế có 11 vị trí thay thế T→C, bốn vị trí thay thế A→G, năm vị trí thay thế C→T, chỉ có một vị trí thay thế nucleotide G→A. Đặc biệt, thay thế T→C tại vị trí 241 xuất hiện ở tất cả gà Liên Minh nghiên cứu, ngoài ra thay thế này tại vị trí 206 xuất hiện ở 17/24 mẫu nghiên cứu. b. Phân tích đa hình trình tự nucleotie vùng D-loop giữa gà Liên Minh và các giống gà nhà trên thế giới Kết quả cho thấy từ 24 trình tự nucleotide (Hình 3.5) được xác định bởi 23 vị trí đa hình nucleotide giữa gà Liên Minh và gà nhà nhánh E mang mã số AB268540 (Gallus gallus domesticus), bao gồm 22 vị trí thay thế nucleotide và một vị trí chèn N: Số lượng mẫu; S: Số vị trí đa hình; h: Số haplotype; Hd: Đa dạng haplotyoe; Pi: Đa dạng nucleotide; NC(number of clade): Số nhánh; D: Tajima’s Test; *: P>0,05 10 nucleotide. Đặc biệt chèn nucleotide G tại vị trí 860 xuất hiện ở tất cả gà Liên Minh nghiên cứu. Bên cạnh đó, thay thế nucleotide T→C xuất hiện ở 10 vị trí (167, 199, 217, 243, 246, 256, 270, 315, 367, 888) và thay thế và C→T chỉ xuất hiện tại vị trí 225, 261, 310 và 446. 3.1.4.3. Hệ số tương đồng nucleotide vùng D-loop a. Phân tích hệ số tương đồng nucleotide vùng D-loop giữa gà Liên Minh với các giống gà bản địa Việt Nam (455 bp) Đa số các giống gà bản địa Việt Nam sử dụng 455 bp vùng siêu biến D-loop để phân tích đa dạng di truyền (Lê Tiến và cs, 2009; Cuc et al, 2011). Vì vậy, sử dụng 455 bp vùng siêu biến đoạn D-loop để so sánh mức độ tương đồng nucleotide vùng D-loop giữa gà Liên Minh và gà bản địa Việt Nam. Kết quả phân tích cho thấy, hệ số tương đồng nucleotide giữa các cá thể gà Liên Minh đạt 97,5% - 100%. Trong đó, có 14 cá thể gà Liên Minh nhóm I (GLM 01, GLM02, GLM03, GLM06, GLM 07, GLM 08, GLM 09, GLM 11, GLM12, GLM13, GLM14, GLM15, GLM16 và GLM18) (Hình 3.4) có hệ số tương đồng trình tự nucleotide đạt 100%. Các gà Liên Minh trên có hệ số tương đồng nucleotide với gà Liên Minh nhóm II (GLM10 và GLM17) đạt 97,5%. Hệ số tương đồng nucleotide giữa gà Liên Minh và các gà bản địa Việt Nam dao động trong khoảng 96,8 - 99,7%. Trong đó, hệ số tương đồng nucleotide giữa gà Liên Minh thuộc nhóm I (n = 14) so với các gà bản địa nằm trong nhánh B khá cao đạt từ 99,3 - 99,7%. Gà Liên Minh trong nhóm này cũng có hệ số tương đồng nucleotide cao khi so sánh với gà Đông Tảo và gà Nhiều Ngón (99,1-99,7%). Ngược lại, gà Liên Minh ở nhóm I có hệ số tương đồng nucleotide với các gà bản địa Việt Nam trong nhánh C, D, E, G, I chỉ đạt từ: 97,3 -97,9%. Gà Liên Minh nhóm II (GLM10 và GLM17, Hình 3.4) có hệ số tương đồng cao so với các gà bản địa nằm trong phân nhánh B8 (99,1%), còn gà Liên Minh tại nhóm III (GLM04, GLM19, GLM23, GLM24) lại có hệ số tương đồng nucleotide với gà bản địa Việt Nam nằm trong phân nhánh D1 là 99,1%. Gà Liên Minh thuộc nhóm IV (GLM20) và nhóm V (GLM05) có hệ số tương đồng cao với các gà bản địa Việt Nam thuộc phân nhánh C1 (99,5-99,7%). Gà Liên Minh nhóm VI (GLM21) và VII (GLM22) có hệ số nucleotide tương đồng cao so với gà nhà ở phân nhánh E1 (99,3-99,5%). b. Phân tích hệ số tương đồng nucleotide vùng D-loop giữa gà Liên Minh và các gà nhà trên thế giới (1050 bp) 11 Sử dụng 1050 nucleotide vùng D-loop gà Liên Minh để so sánh với các giống gà bản địa trên thế giới (Oka et al, 2007). Kết quả phân tích cho thấy, hệ số tương đồng nucleotide giữa các cá thể gà Liên Minh đạt 98,7% - 100%. Trong đó, gà Liên Minh tại các nhóm I (GLM 01, GLM 07, GLM 08, GLM 09, GLM 11), nhóm II (GLM02, GLM18), nhóm III (GLM12, GLM13, GLM14, GLM15), nhóm IV (GLM06) và nhóm V(GLM03, GLM16) có hệ số tương đồng trình tự nucleotide rất cao đạt từ 99,7% - 99,9%, các gà Liên Minh trong cùng một nhóm có hệ số tương đồng nucleotide đạt 100%. Hệ số tương đồng nucleotide của gà Liên Minh và các gà nhà theo kết quả nghiên cứu của Oka và cộng sự đạt 98,2% - 100%. Gà Liên Minh thuộc nhóm I, II, III, IV và V có hệ số tương đồng nucleotide với gà thuộc phân nhánh E1, E2, E3, E4 (Oka et al, 2007) đạt 99,6% - 100,0%. Gà Liên Minh GLM10, GLM17, GLM21, GLM22 có hệ số tương đồng nucleotide cao với gà thuộc phân nhánh A (99,6%- 100,0%), gà Liên Minh thuộc nhóm VIII (GLM04, GLM19, GLM23, GLM24) có hệ số tương đồng nucleotide khá cao khi so sánh với các gà nhà nằm trong nhánh C, đạt 99,5%. Hệ số tương đồng nucleotide giữa GLM05, GLM20 với gà nhà phân nhánh D đạt 99,8-99,9%. Hệ số tương đồng này thấp hơn khi so sánh gà Liên Minh với các gà nhà thuộc phân nhánh G, F, chỉ đạt từ 98,2% - 99,2%. 3.1.4.4. Phân bố Haplotype gà Liên Minh Sử dụng phần mềm DnaSP version 5 xác định haplotype trên 1050 bp và 455 bp. Kết quả phân tích haplotype trên 1050 bp vùng D-loop 24 mẫu gà Liên Minh nghiên cứu được phân bố thành 12 haplotype (Bảng 3.3). Trong đó, gà Liên Minh tập trung nhiều nhất vào haplotype 1, haplotype 3 và haplotype 8. Kết quả phân tích haplotype trên 455 bp vùng D-loop gà Liên Minh nghiên cứu được phân bố thành bảy haplotype (Bảng 3.4). Trong đó, gà Liên Minh tập trung nhiều nhất vào haplotype 1. 3.1.4.5. Cây phân loại di truyền của gà Liên Minh dựa trên trình tự nucleotide vùng D-loop a. Cây phân loại di truyền giữa gà Liên Minh và các giống gà bản địa Việt Nam (455 bp) 12 Hình 3.10. Cây phân loại di truyền gà Liên Minh và các giống gà bản địa Việt Nam Sử dụng 455 bp vùng D-loop, xây dựng theo phương pháp Neighbor-joining sử dụng MEGA 6.0 với giá trị bootstrap 1.000. (1,2,3...: Haplotype; (-): số cá thể gà trong haplotype; ● GLM: Gà Liên Minh, ■ DT: Gà Đông Tảo; ▲ - GNN: Gà Nhiều Ngón. 13 Cây phân loại di truyền được xây dựng dựa trên 48 trình tự D-loop gà bản địa Việt Nam (24 trình tự GLM, sáu trình tự GNN và 18 trình tự GDT) cùng với 11 trình tự tham chiếu tương ứng với bảy nhánh được xác định bởi Liu và cộng sự (2006) và 37 trình tự gà bản địa Việt Nam phân bố bảy nhánh (Cuc et al, 2011). Sử dụng 455 bp vùng siêu biến D-loop ADN ty thể để xác định mối quan hệ di truyền giữa gà Liên Minh và các giống gà bản địa Việt Nam (Hình 3.10). Cây phân loại di truyền dựa trên trình tự nucleotide vùng D-loop cho thấy gà Liên Minh phân bố trên bảy haplotype thuộc 5 nhánh (A, B, C, D, E), tập trung chủ yếu ở nhánh B (58,3% mẫu) – là nhánh phân bố chính của các giống gà bản địa Việt Nam và Đông Nam Á. Trong nghiên cứu này, đã không tìm thấy mẫu gà Liên Minh, Đông Tảo, Nhiều Ngón phân bố trong nhánh G, H, I và F. Kết quả này phù hợp với nghiên cứu của Cuc và cộng sự (2011). b. Cây phân loại di truyền giữa gà Liên Minh, gà Nhiều Ngón, gà Đông Tảo và các giống gà nhà trên thế giới Hình 3.11. Cây phân loại di truyền của gà Liên Minh, gà Đông Tảo, gà Nhiều Ngón và các gà nhà trên thế giới Sử dụng 1050 bp vùng D-loop, xây dựng theo phương pháp Neighbor-joining sử dụng MEGA 6.0 với giá trị bootstrap 1.000 lần lặp lại. (1,2,3...: Haplotype; (-): số cá thể gà trong 1 haplotype. ● GLM: Gà Liên Minh, ■GNN: Gà Nhiều Ngón, ▲GDT: Gà Đông Tảo, Oka: Các gà đại diện nằm trên các nhánh do Oka và cộng sự., 2007 phân tích) 14 Cây phân loại di truyền được xây dựng dựa trên 48 trình tự D-loop gà bản địa Việt Nam (24 trình tự GLM, sáu trình tự GNN và 18 trình tự GDT) cùng với 11 trình tự tham chiếu tương ứng với bảy nhánh được xác định bởi Oka và cộng sự (2007) (Hình 3.11). Sử dụng 1050 bp vùng D-loop và sử dụng phương pháp NJ để xây dựng cây phân loại di truyền đối với gà Liên Minh, gà Nhiều Ngón, gà Đông Tảo và gà nhà trên thế giới. Kết quả cho thấy, 24 mẫu GLM được phân bố ở năm nhánh A, B, C, D và E, nhưng chủ yếu ở nhánh E (58,3%). Cụ thể là: 14 mẫu gà Liên Minh thuộc haplotype 1, 2, 3, 4 phân bố trong nhánh E. Các nghiên cứu trước đây cho thấy rằng, gà thuộc nhánh E đã được quan sát thấy ở gà bản địa Châu Á, Trung Quốc, Lào, Nhật Bản và Ấn Độ (Liu et al, 2006, Oka et al, 2007, Cuc et al, 2011, Kawabe et al, 2014) và không được quan sát thấy ở các gà bản địa Châu Phi (Miao et al, 2013). 3.2. PHÂN TÍCH CHỈ THỊ PHÂN TỬ LIÊN QUAN TÍNH TRẠNG NĂNG SUẤT TRỨNG Ở GIỐNG GÀ LIÊN MINH 3.2.1. Theo dõi 5 chỉ tiêu liên quan tính trạng năng suất trứng của 90 cá thể gà Liên Minh Nghiên cứu tiến hành chọn lọc và nuôi 90 cá thể gà Liên Minh riêng biệt trong từng lồng, trong điều kiện ánh sáng, độ ẩm, chế độ dinh dưỡng... tương đối giống nhau, phục vụ đánh giá tương quan giữa các gen ứng viên và tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh. Các chỉ tiêu theo dõi bao gồm: Tuổi bắt đầu đẻ quả trứng đầu tiên (TBĐĐT), số lượng trứng (SLT), khối lượng trứng trung bình (KLTTB), khối lượng trứng trung bình từ 36 tuần đến 44 tuần tuổi, khối lượng quả trứng đầu tiên (KLQTĐT), chỉ số hình dạng trứng (CSHDT) của từng cá thể gà Liên Minh. 3.2.2. Tần số alen/kiểu gen các đa hình gen PRL, PRLR, VIP, VIPR1, NPY, GH và GHR; phân tích mối liên quan với tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh 3.2.2.1. Tách chiết ADN hệ gen 3.2.2.2. Tần số alen/kiểu gen các đa hình gen PRL và mối liên quan với tính trạng năng suất trứng a. Khuếch đại các đoạn gen PRL bằng phản ứng PCR b. Phân tích đa hình gen PRL bằng enzyme cắt giới hạn c. Xác định đa hình gen PRL bằng giải trình tự nucleotide d. Phân tích tần số alen/kiểu gen tại các vị trí đa hình gen PRL Đa hình PRL24, PRL/2161 có tần số kiểu gen tuân theo Định luật Hardy- Weinberg (P>0,05). Còn đa hình PRL/2402 không tuân theo định luật Hardy- Weinberg (P<0,05) 15 e. Mối liên quan giữa kiểu gen và tính trạng năng suất trứng ở giống gà Liên Minh Bảng 3.9. Mối liên quan giữa kiểu gen PRL24 và tính trạng năng suất trứng ở giống gà Liên Minh Chỉ tiêu Kiểu gen (N) P ID (24) DD (66) Tuổi đẻ quả trứng đầu (ngày) 185,33±8,21 187,12±8,25 0,365 Năng suất trứng trung bình (quả) 45,29±5,77 43,14±4,73 0,075 Khối lượng trứng trung bình (g) 47,57±3,11a 45,05±4,33b 0,011 Khối lượng trứng trung bình 36-44 (g) 49,13±3,27a 46,58±4,68b 0,016 Khối lượng quả trứng đầu tiên (g) 42,16±4,57 39,95±4,98 0,062 Kích thước trứng (D/d) 1,28±0,03 1,28±0,03 0,632 Ghi chú: Các giá trị trung bình mang chữ cái khác nhau trên cùng một hàng là khác biệt có ý nghĩa thống kê (P<0,05). Khối lượng trứng trung bình 36-44: Khối lượng trứng trung bình của cá thể từ 36-44 tuần tuổi. Phân tích mối liên quan giữa đa hình PRL24 cho thấy, khối lượng trứng trung bình gà mang kiểu gen ID (47,57±3,11 g) lớn hơn gà mang kiểu gen DD (45,05±4,33 g) (P<0,05) (Bảng 3.9). Đối với đa hình PRL/C2402T, khối lượng trứng trung bình ở gà Liên Minh mang kiểu gen CT (46,91±4,29 g) cao hơn kiểu gen TT (44,89±3,93 g) (P<0,05) (Bảng 3.10). Bảng 3.10. Mối liên quan giữa kiểu gen PRL2402 và tính trạng năng suất trứng ở giống gà Liên Minh Chỉ tiêu Kiểu gen (N) P CT (37) TT (53) Tuổi đẻ quả trứng đầu (ngày) 185,84±7,99 187,21±8,42 0,440 Năng suất trứng trung bình (quả) 44,95±5,63 42,85± 4,53 0,054 Khối lượng trứng trung bình (g) 46,91±4,29a 44,89±3,93b 0,023 Khối lượng trứng trung bình 36-44(g) 48,27±4,52 46,56±4,36 0,073 Khối lượng quả trứng đầu tiên (g) 41,17±4,44 40,11±5,27 0,319 Kích thước trứng (D/d) 1,28±0,03 1,28±0,03 0,585 Ghi chú: Các giá trị trung bình mang chữ cái khác nhau trên cùng một hàng là khác biệt có ý nghĩa thống kê (P< 0,05). Khối lượng trứng trung bình 36-44: Khối lượng trứng trung bình của cá thể từ 36-44 tuần tuổi. * Đối với đa hình tại vị trí C2161G của gen PRL, đã không tìm thấy mối liên quan giữa đa hình với khả năng sản xuất trứng trứng. 16 Bảng 3.11. Mối liên quan giữa kiểu gen PRL2161 và tính trạng năng suất trứng ở giống gà Liên Minh Chỉ tiêu Kiểu gen (N) P CC (4) CG (26) GG (60) Tuổi đẻ quả trứng đầu (ngày) 187,00±2,94 186,42±8,55 186,72±8,41 0,985 SL trứng trung bình 48,50±3,70* 44,00±4,98* 43,27± 5,10* - KL trứng trung bình (g) 48,99±3,25 45,10±3,58 45,77±4,41 0,221 KL trứng trung bình 36-44(g) 51,14±3,37 46,94±3,74 47,14±4,76 0,206 KL quả trứng đầu tiên (g) 41,48±4,45 39,69±5,89 40,85±4,55 0,565 Kích thước trứng (D/d) 1,27±0,02 1,27±0,02 1,29± 0,03 0,107 Ghi chú: KL trứng trung bình 36-44: Khối lượng trứng trung bình của cá thể từ 36-44 tuần tuổi. *: Không đủ điều kiện để phân tích phương sai; KL: Khối lượng; SL: Số lượng. f. Ảnh hưởng của haplotype gen PRL tại các vị trí: -385; 2402; và 2161 đến các tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh Kết quả phân tích sự kết hợp của hai đa hình PRL24 và PRL/2402 (Bảng 3.12), cho thấy khối lượng trứng trung bình của gà mang haplotype IDTT (48,17± 1,83) cao hơn so với gà mang haplotype IDCT (47,20±3,68), DDCT (46,71 ±4,73), DDTT (44,22 ±3,91) (P<0,01). Bảng 3.12 Ảnh hưởng của đa hình gen PRL24 và PRL/2402 đến các tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh Chỉ tiêu Haplotype (N) P DDCT (22) DDTT (44) IDCT (15) IDTT (9) TBĐĐT (ngày) 188,05±7,64 186,66±8,59 182,60±7,61 189,89±7,42 0,128 SLT 44,64±4,96 42,39±4,48 45,40±6,64 45,11± 4,29 0,107 KLTTB (g) 46,71±4,73ab 44,22±3,91b 47,20±3,68ab 48,17±1,83a 0,006 KLTTB 36-44(g) 47,99±5,08 45,88±4,36 48,68±3,66 49,87±2,51 0,022 KLQTĐT (g) 40,69±4,76 39,59±5,10 41,88±3,96 42,62±5,67 0,230 CSHDT (D/d) 1,28±0,03* 1,28±0,03* 1,28±0,03* 1,28±0,03* - Ghi chú: Các giá trị trung bình mang chữ cái khác nhau trên cùng một hàng là khác biệt có ý nghĩa thống kê (P<0,05). (N): Số cá thể. TBĐĐT: Tuổi bắt đầu đẻ trứng;SLT: Năng suất trứng; KLTTB: Khối lượng trung bình của trứng; KLTTB 36-44: Khối lượng trứng trung bình của từng cá thể từ 36-44 tuần tuổi. KTQTĐT: Khối lượng quả trứng đầu tiên; CSHDT: Chỉ số hình dạng trứng trung bình. Phân tích sự kết hợp của hai đa hình PRL24 và PRL/2161 cũng cho thấy, gà mang haplotype IDCC cho khối lượng trứng trung bình và năng suất trứng cao, cao hơn so với gà mang các haplotype còn lại. 17 Bảng 3.13. Ảnh hưởng của hai đa hình PRL24 và PRL/2161 đến các chỉ tiêu liên quan tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh Haplotype (N) Tuổi đẻ quả trứng đầu (ngày) Năng suất trứng trung bình (quả) Khối lượng trứng (36-44) (g) Khối lượng trứng trung bình (g) Chỉ số hình dạng trứng (D/d) DDCC (3) 187,33±3,51 47,67±4,04 52,34±2,89 49,41±3,85 1,27±0,02 DDCG (16) 185,00±8,81 42,69±3,98 45,70±3,96 43,83±3,77 1,28±0,02 DDGG (47) 187,83±8,26 43,00±4,93 46,52±4,81 45,18±4,41 1,29±0,03 IDCC (1) 186,00± 0,00* 51,00±0,00* 47,52±0,00* 47,75±0,00* 1,29±0,00* IDCG (10) 188,70±8,03 46,10±5,88 48,91±2,40 47,14±2,09 1,27±0,02 IDGG (13) 182,69±7,99 44,23±5,78 49,41±3,98 47,88±3,87 1,29±0,04 P 0,391 0,167 0,038 0,041 0,372 (N): Số cá thể Khối lượng trứng trung bình của gà mang haplotype DDCC (49,41 ±3,85) cao hơn so với gà mang haplotype DDCG (43,83±3,77) là 5,58 gam (P<0,05). Bên cạnh đó gà mang haplotype DDCC cũng cho năng suất trứng cao đạt 47,67 quả/mái/20 tuần cao hơn so với gà mang haplotype DDCG là 4,98 quả (P=0,051). Không tìm thấy mối liên quan có ý nghĩa thống kê giữa hai đa hình PRL/2402 và PRL/2161 với sản lượng trứng ở giống gà Liên Minh. Bảng 3.13. Ảnh hưởng của hai đa hình PRL/2402 và PRL/2161 đến các chỉ tiêu liên quan tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh Haplotype(N) Tuổi đẻ quả trứng đầu (ngày) Khối lượng trứng (36-44) (g) Năng suất trứng trung bình (quả) Khối lượng trứng trung bình (g) Chỉ số hình dạng trứng (D/d) CTCC (3) 188,00±2,65 51,84±3,75 50,00±2,65 50,19±2,70 1,28±0,02 CTCG (10) 185,30±9,42 46,63±3,07 46,60±5,46 45,03±2,78 1,27±0,02 CTGG (24) 185,79±8,00 48,51±4,91 43,63±5,56 47,29±4,69 1,28±0,03 TTCC (1) 184,00±0,00* 49,01±0,00* 44,00±0,00* 45,41±0,00* 1,26±0,00* TTCG (16) 187,13±8,20 47,13±4,19 42,38±4,02 45,15±4,09 1,27±0,02 TTGG (36) 187,33±8,73 46,23±4,50 43,03±4,84 44,76±3,96 1,29±0,03 P 0,964 0,199 0,083 0,092 0,352 (N): Số cá thể. 18 3.2.2.3. Tần số alen/kiểu gen các đa hình gen VIP và mối liên quan với tính trạng năng suất trứng a. Khuếch đại đa hình C338T và G5138982T gen VIP b. Phân tích alen/kiểu gen tại VIP/338 và VIP/5138982 c. Giải trình tự xác định các alen tại đa hình C338T và G5138982T gen VIP Các đa hình gen VIP đã được giải trình tự nucleotide để xác định điểm cắt giới hạn. d. Kết quả phân tích tần số alen/kiểu gen hai đa hình gen VIP Kết quả phân tích này cho thấy sự phân bố của các kiểu ở hai đa hình gen VIP đều phân bố tuân theo định luật Hardy-Weinberg (P>0,05). e. Kết quả phân tích mối liên quan đa hình gen VIP và tính trạng năng suất trứng ở giống gà Liên Minh Bảng 3.16. Mối liên quan giữa kiểu gen VIP/513892 và tính trạng năng suất trứng ở giống gà Liên Minh Chỉ tiêu Kiểu gen P GG(2