Luận án Đánh giá nguồn gen và phân tích chỉ thị phân tử liên quan tính trạng năng suất trứng ở giống gà Liên Minh

y phù hợp với nghiên cứu của Cuc và cộng sự (2011) b. Cây phân loại di truyền giữa gà Liên Minh, gà Nhiều Ngón, gà Đông Tảo và các giống gà nhà trên thế giới Cây phân loại di truyền được xây dựng dựa trên 48 trình tự D-loop gà bản địa Việt Nam (24 trình tự GLM, sáu trình tự GNN và 18 trình tự GDT) cùng với 11 trình tự tham chiếu tương ứng với bảy nhánh được xác định bởi Oka và cộng sự (2007) (Hình 3.11). Sử dụng 1050 bp vùng D-loop và phương pháp NJ để xây dựng cây phân loại di truyền đối với gà Liên Minh, gà Nhiều Ngón, gà Đông Tảo và gà nhà trên thế giới. Kết quả cho thấy, 24 mẫu GLM được phân bố ở năm nhánh A, B, C, D và E, nhưng chủ yếu ở nhánh E (58,3%). Cụ thể là: 14 mẫu gà Liên Minh thuộc haplotype 1, 2, 3, 4 phân bố trong nhánh E. Các nghiên cứu trước đây cho thấy rằng, gà thuộc nhánh E đã được quan sát thấy ở gà bản địa Châu Á, Trung Quốc, Lào, Nhật Bản và Ấn Độ (Liu et al, 2006, Oka et al, 2007, Cuc et al, 2011, Kawabe et al, 2014) và không được quan sát thấy ở các gà bản địa Châu Phi (Miao et al, 2013). Gà Liên Minh tại haplotype 8 phân bố trên nhánh C, các giống gà Chabo, Indonesian Bantam, Indonesian Fighting (Oka et al, 2007), các gà Chọi, gà Chabo (gà làm cảnh) Trung Quốc, Nhật Bản, Madagascar và Việt Nam cũng phân bố trong nhánh C. Nhánh này có quan hệ gần gũi với nhánh D, nhánh phân bố các loài chim phục vụ mục đích giải trí và 45% gà bản địa Ấn Độ, theo phân loại của Liu và cộng sự (2006). Cuc và cộng sự (2011) đã chỉ ra rằng, 50% những mẫu gà phục vụ mục đích giải trí (gà Chọi) đã được quan sát trong nhánh này. Gà Liên Minh tại haplotype 9, 10 phân bố trên nhánh D, đây là nhánh phân bố của gà Ko-Shamo và Chabo. Gà Liên Minh haplotype 11 phân bố trong 67 nhánh A. Nhánh A là nhánh phổ biến trên thế giới, đa phần gà Địa Trung Hải phân bố trong nhánh này (Ceccobelli et al, 2015). Đây là nhánh không phổ biến đối với gà châu Á, tuy nhiên trước đây Nguyên và cộng sự (2015) cũng tìm thấy gà Tàu Vàng phân bố trong nhánh này. Hình 3.11. Cây phân loại di truyền của gà Liên Minh, gà Đông Tảo, gà Nhiều Ngón và các gà nhà trên thế giới Sử dụng 1050 bp vùng D-loop, xây dựng theo phương pháp Neighbor-joining sử dụng MEGA 6.0 với giá trị bootstrap 1.000 lần lặp lại. (1,2,3...: Haplotype; (-): số cá thể gà trong 1 haplotype. ● GLM: Gà Liên Minh, ■GNN: Gà Nhiều Ngón, ▲GDT: Gà Đông Tảo, Oka: Các gà đại diện nằm trên các nhánh do Oka và cộng sự., 2007 phân tích) Kết quả phân tích cũng cho thấy rằng, tất cả gà Đông Tảo và gà Nhiều Ngón đều phân bố trong nhánh E, đây là nhánh phổ biến của gà châu Á. Trong nghiên cứu này, không tìm thấy mẫu gà Liên Minh, gà Đông Tảo và gà Nhiều Ngón phân bố trong nhánh F và G, đây là những nhánh có thể tìm thấy ở gà Nhật Bản (Oka et al, 2007) Kết quả của nghiên cứu này cho thấy, mức độ đa dạng di truyền của gà Liên Minh tương đối cao so với một số giống gà bản địa khác (gà Nhiều Ngón, 68 gà Đông Tảo), thông tin này góp phần vào dữ liệu khoa học về đa dạng di truyền của các giống gà bản địa và là thông tin giá trị đóng góp trong công tác bảo tồn nguồn gen đa dạng cho chọn lọc và lai tạo giống. 3.2. PHÂN TÍCH CHỈ THỊ PHÂN TỬ LIÊN QUAN TÍNH TRẠNG NĂNG SUẤT TRỨNG Ở GIỐNG GÀ LIÊN MINH 3.2.1. Theo dõi 5 chỉ tiêu liên quan tính trạng năng suất trứng của 90 cá thể gà Liên Minh Nghiên cứu tiến hành chọn lọc và nuôi 90 cá thể gà Liên Minh riêng biệt trong từng lồng, trong điều kiện ánh sáng, độ ẩm, chế độ dinh dưỡng... tương đối giống nhau, phục vụ đánh giá tương quan giữa các gen ứng viên và tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh. Các chỉ tiêu theo dõi bao gồm: Tuổi bắt đầu đẻ quả trứng đầu tiên (TBĐĐT), số lượng trứng (NST), khối lượng trứng trung bình (KLTTB), khối lượng trứng trung bình từ 36 tuần đến 44 tuần tuổi, khối lượng quả trứng đầu tiên (KLQTĐT), chỉ số hình dạng trứng (CSHDT) của từng cá thể gà Liên Minh. Bảng 3.5. Theo dõi các chỉ tiêu sinh sản của 90 cá thể gà Liên Minh STT TBĐĐT ( ngày) SLT (quả) KLTTB (gram) X±SD KLTTB 36-44(g) X±SD KLQTĐT (gram) CSHDTTB X ± SD 1 178 44 47,14±4,32 50,68±2,67 31,15 1,25±0,06 2 182 39 46,90±3,28 50,56±1,12 45,33 1,26±0,04 3 176 39 42,92±6,65 46,28±085 32,64 1,28±0,05 4 175 37 42,34±3,60 44,58±2,65 35,60 1,35±0,06 5 192 42 49,06±3,36 53,00±1,44 42,41 1,27±0,04 6 190 52 48,93±2,35 48,88±2,11 44,80 1,29±0,03 7 175 42 45,06±3,38 44,65±1,44 33,67 1,28±0,03 8 179 36 45,09±4,31 49,44±1,83 32,65 1,31±0,05 9 181 41 44,58±6,38 49,87±1,66 34,81 1,32±0,08 10 193 41 45,85±1,93 47,55±1,00 45,83 1,28±0,03 11 170 49 39,90±4,91 42,64±2,91 29,11 1,27±0,07 12 189 36 46,87±4,34 50,19±2,19 45,09 1,25±0,05 13 176 37 46,84±4,42 49,11±3,44 40,35 1,28±0,04 14 173 40 40,96±4,52 44,26±1,68 27,50 1,30±0,04 15 180 46 37,76±4,82 36,66±1,73 34,17 1,30± 0,06 16 191 50 44,58±5,26 46,37±2,36 34,80 1,30±0,05 17 192 46 34,52±4,10 34,17±1,92 37,97 1,29±0,05 18 191 51 44,64±4,87 46,95±2,85 38,51 1,31±0,07 19 186 39 40,52±3,22 42,05±1,95 37,20 1,25±0,05 20 185 40 41,72±4,83 45,20±2,95 39,05 1,26±0,07 21 188 42 40,93±4,82 42,45±1,32 37,59 1,31±0,05 TBĐĐT: Tuổi bắt đầu đẻ trứng;SLT: Năng suất trứng; KLTTB: Khối lượng trung bình của trứng; KLTTB 36-44: Khối lượng trứng trung bình của từng cá thể từ 36-44 tuần tuổi. KTQTĐT: Khối lượng quả trứng đầu tiên; CSHDTB: Chỉ số hình dạng trứng trung bình; TB: Trung bình 69 STT TBĐĐT ( ngày) SLT (quả) KLTTB (gram) X±SD KLTTB 36-44(g) X±SD KLQTĐT (gram) CSHDTTB X ± SD 22 180 43 44,57±2,46 48,77±2,46 44,55 1,29±0,03 23 183 44 48,80±4,51 46,72±3,85 38,90 1,34±0,04 24 184 46 44,32± 3,17 44,88±2,02 43,26 1,28±0,04 25 179 35 47,67± 5,23 52,88±0,66 38,84 1,31±0,04 26 189 42 54,20± 6,23 55,51±2,03 42,18 1,28 ±0,06 27 195 38 44,16± 4,08 46,61±5,11 39,49 1,32±0,06 28 168 37 46,44± 2,77 49,54±3,12 42,98 1,34±0,05 29 175 57 45,53± 2,76 47,68±1,34 40,41 1,27±0,04 30 184 50 47,61± 2,63 49,42±1,56 46,90 1,35±0,03 31 196 44 44,57± 2,74 46,97±0,94 43,52 1,27±0,03 32 200 47 47,69± 4,46 47,19±1,71 45,14 1,28±0,03 33 189 43 46,99± 4,81 48,31±0,93 37,91 1,25±0,05 34 201 36 45,42± 1,25 43,97±1,71 43,99 1,24±0,07 35 185 38 46,81± 2,80 47,33±2,96 45,40 1,28±0,03 36 202 46 42,85± 2,34 43,45±1,07 42,87 1,26±0,04 37 180 37 43,78± 4,43 44,65±1,89 40,07 1,27±0,02 38 186 51 46,56± 4,84 47,22±1,42 40,97 1,30±0,05 39 175 37 46,94± 4,15 48,69±2,52 40,99 1,26±0,04 40 191 51 46,12±4,02 45,66±3,74 42,30 1,27±0,05 41 198 45 47,64±3,18 50,46±2,92 43,28 1,29±0,02 42 186 51 47,75±5,43 47,52±1,44 47,22 1,29 ±0,04 43 184 44 45,41±4,58 49,01±2,84 39,06 1,26±0,05 44 183 48 45,42±4,08 43,63±1,20 40,27 1,36±0,06 45 200 43 47,76±5,57 49,60±2,77 39,02 1,27 ±0,05 46 202 41 40,98±6,28 43,42±1,31 39,40 1,33±0,07 47 186 41 45,77±5,36 50,79±3,53 32,56 1,24±0,05 48 184 38 49,26±3,69 49,54±3,28 41,22 1,26±0,05 49 185 41 45,47±3,27 48,82±3,32 44,44 1,26±0,04 50 196 37 45,09±5,11 45,77±2,25 37,94 1,26±0,02 51 196 40 40,40±6,95 43,45±0,80 42,49 1,28±0,03 52 201 45 58,13±5,21 59,60±1,77 48,59 1,27±0,03 53 198 46 49,40±3,51 51,52±1,01 44,53 1,25±0,05 54 187 49 52,04±7,44 53,08±2,89 48,19 1,27±0,03 55 185 53 48,36±6,23 50,00±3,53 45,46 1,28±0,04 56 188 38 44,79±3,30 44,11±3,13 44,13 1,26 ±0,03 57 190 47 51,44±2,03 52,67±1,40 50,30 1,30±0,04 58 191 47 53,09±3,02 53,91±1,41 42,56 1,25±0,03 59 187 52 49,72±4,51 54,10±1,94 37,07 1,29±0,04 TBĐĐT: Tuổi bắt đầu đẻ trứng;SLT: Năng suất trứng; KLTTB: Khối lượng trung bình của trứng; KLTTB 36-44: Khối lượng trứng trung bình của từng cá thể từ 36-44 tuần tuổi. KTQTĐT: Khối lượng quả trứng đầu tiên; CSHDTB: Chỉ số hình dạng trứng trung bình; TB: Trung bình 70 STT TBĐĐT ( ngày) SLT (quả) KLTTB (gram) X±SD KLTTB 36-44(g) X±SD KLQTĐT (gram) CSHDTTB X ± SD 60 200 46 46,40±2,67 48,51±2,63 40,68 1,20±0,02 61 184 42 40,01±4,77 40,84±2,38 39,16 1,26±0,04 62 196 51 47,46±2,88 47,94±2,01 40,12 1,25 ±0,03 63 192 41 52,89±5,08 53,64±3,21 46,20 1,26 ±0,04 64 184 50 38,08±4,03 50,00±3,53 37,68 1,25±0,05 65 188 43 52,84±5,08 54,08±2,82 46,09 1,29±0,04 66 188 39 48,88±1,37 49,81±1,74 49,24 1,30±0,02 67 192 43 47,94±5,02 50,24±1,59 46,30 1,26±0,03 68 191 44 46,62±4,76 47,86±2,80 46,15 1,27±0,03 69 177 42 44,23±2,33 40,08±1,53 36,96 1,31±0,04 70 180 45 44,20±2,87 45,97±0,72 45,52 1,30±0,04 71 189 43 47,00±4,58 47,33±2,23 45,47 1,32±0,06 72 188 39 53,11±4,37 53,22±3,22 45,66 1,30±0,04 73 194 48 46,37± 4,58 47,88±1,73 31,11 1,29±0,04 74 201 41 39,25±4,37 40,37±0,75 35,18 1,27±0,03 75 177 51 45,80±2,76 47,55±1,23 40,25 1,29±0,04 76 195 52 42,13±6,23 43,24±2,00 30,28 1,23±0,05 77 196 53 43,15±3,78 44,94±1,97 38,62 1,31±0,05 78 176 43 44,27±2,65 46,48±2,19 45,78 1,21±0,03 79 180 52 46,53±4,02 46,8±1,11 42,32 1,28±0,02 80 195 43 43,25±3,26 43,42±1,29 34,55 1,27±0,02 81 190 41 45,75±2,74 46,76±1,67 40,17 1,30±0,03 82 173 37 54,88±3,17 57,00±1,50 43,53 1,32±0,04 83 195 43 38,27±2,23 41,26±2,44 32,47 1,30±0,06 84 180 44 46,13±3,06 47,25±3,37 42,21 1,28±0,04 85 181 45 50,11±2,18 51,89±1,21 43,33 1,29±0,03 86 185 37 38,15±1,66 39,48±0,83 33,54 1,27±0,03 87 176 46 40,35±1,30 40,89±0,62 42,18 1,25±0,02 88 175 52 52,37±3,61 53,68±1,97 41,11 1,25 ±0,03 89 192 39 42,18±1,95 42,90±1,58 35,43 1,32±0,04 90 177 42 40,06±1,41 40,01±0,65 43,01 1,27±0,04 TB 186,64±8,23 43,71±5,08 45,72±4,18 47,26±4,48 40,54±4,95 1,281±0,03 TBĐĐT: Tuổi bắt đầu đẻ trứng;SLT: Năng suất trứng; KLTTB: Khối lượng trung bình của trứng; KLTTB 36-44: Khối lượng trứng trung bình của từng cá thể từ 36-44 tuần tuổi. KTQTĐT: Khối lượng quả trứng đầu tiên; CSHDTB: Chỉ số hình dạng trứng trung bình; TB: Trung bình 71 Kết quả trình bày ở Bảng 3.5 có thể nhận thấy: Tuổi bắt đầu đẻ trứng của gà Liên Minh khi nuôi riêng biệt trong từng lồng trung bình là 186,64 ngày. Trong nghiên cứu này, gà Liên Minh sinh sản sớm hơn so với kết quả nghiên cứu của Doan BH và cộng sự (2016), khi nghiên cứu gà Liên Minh cho thấy trung bình gà đẻ trứng muộn ở 197,5 ngày tuổi. Khối lượng trung bình của trứng gà đạt khoảng 45,72 gam và chỉ số hình dạng trung bình là 1,28 (dao động từ 1,24 - 1,35) nằm trong ngưỡng thích hợp cho ấp nở (1,13 - 1,67). Những quả trứng quá dài hoặc quá tròn đều cho tỷ lệ ấp nở kém hơn những quả trứng đạt theo tiêu chuẩn giống (Nguyễn Hoài Tao và cs, 1985). Tổng số lượng quả trứng thu được trung bình trên mỗi mái đến 44 tuần tuổi đạt 43,71 quả. Ngoài ra, để đánh giá thực tế chăm sóc, nuôi dưỡng gà Liên Minh trong điều kiện bố trí thí nghiệm chất lượng trứng được kiểm tra qua các chỉ số cơ bản tại 38, 39 và 40 tuần tuổi: Khối lượng trứng, chỉ số hình dạng trứng, độ dày vỏ trứng, độ chịu lực, màu lòng đỏ, màu lòng trắng, chỉ số lòng trắng, chỉ số lòng đỏ. Thí nghiệm này được tiến hành trên 30 quả trứng (mỗi tuần 1 lần). Kết quả về các chỉ tiêu chất lượng trứng được trình bày ở bảng 3.6. Bảng 3.6. Các chỉ tiêu chất lượng trứng (n=90) Tuần Khối lượng trứng (g) CSHD (D/d) Độ dày vỏ (mm) Độ chịu lực (N/cm2) Màu lòng đỏ (Bảng màu) Chỉ số lòng trắng Chỉ số lòng đỏ 38-40 47,89±3,36 1,29±0,05 0,11±0,04 33,18±2,01 13,40±0,31 0,09±0,05 0,50±0,22 CSHD: Chỉ số hình dạng trứng trung bình; TB: Trung bình Khối lượng trứng trung bình của gà Liên Minh tại tuần thứ 38 - 40 đạt 47,89±3,36 g, tương đương so với gà Móng ở cả ba thế hệ, thế hệ xuất phát (46,32 g), thế hệ thứ nhất (47,30 g), thế hệ thứ 2 (47,44 g) và cao hơn gà Lạc Thủy (45,66 g) (Nguyễn Trọng Tuyển, 2017; Ngô Thị Kim Cúc và cs, 2013). Chỉ số hình dạng trứng trung bình đạt 1,29±0,05 nằm trong ngưỡng cho phép của chỉ số hình dạng trứng bình thường để đảm bảo cho tỷ lệ ấp nở (1,13 – 1,58) (Bùi Hữu Đoàn và cs, 2011). Nghiên cứu trên giống gà Tàu Vàng cho thấy, trứng có khối lượng đạt từ 40,0- 69,7 g, khi ấp nở cho tỷ lệ trứng có phôi cao từ 95,0 -96,2% (Đỗ Võ Anh Khoa, 2013). Trứng gà Liên Minh có độ chịu lực trung bình đạt 33,18±2,01 N/cm2 tương đương với 3,318 kg/cm2 phù hợp với trứng có độ bền vỏ tốt (lớn hơn 3 kg/cm2). 72 Chỉ tiêu này ở gà Liên Minh thấp hơn so với gà Mía (3,82 kg/cm2) và tương đương với gà Móng ở thế hệ xuất phát (3,26 kg/cm2) (Ngô Thị Kim Cúc và cs, 2013; Vũ Ngọc Sơn và cs, 2015). Màu lòng đỏ trứng gà thường phụ thuộc vào sắc tố và carotene có trong thức ăn nên có thể thay đổi khi thay đổi khẩu phần ăn của gà mái trước khoảng hai đến ba tuần. Trứng gà Liên Minh chủ yếu có màu đỏ gạch nằm trong khoảng 13 - 14 theo thang chuẩn. Đây là chỉ tiêu rất phù hợp với thị hiếu người tiêu dùng Việt Nam. 3.2.2. Tần số alen/kiểu gen các đa hình gen PRL, PRLR, VIP, VIPR1, NPY, GH và GHR; phân tích mối liên quan với tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh 3.2.2.1. Tách chiết ADN hệ gen Sau khi tách chiết, ADN hệ gen được định lượng và định tính bằng phương pháp điện di trên gel agarose 1% và phương pháp đo quang phổ ở bước sóng A260, A280. Kết quả điện di ADN hệ gen được thể hiện trên hình 3.12. Hình 3.12. Hình đại diện sản phẩm điện di ADN hệ gen gà Liên Minh 1→ 10: Thứ tự ADN hệ gen của các mẫu. M: Thang chuẩn (Thermo) Ảnh điện di (Hình 3.12) cho thấy, ADN hệ gen được tách chiết từ mẫu máu của các cá thể gà Liên Minh là phần hiển thị thành vệt sáng trên gel agarose 1% sau khi điện di. Băng điện di ở đa số các giếng đều gọn, sáng, rõ nét chứng tỏ ADN tách chiết không bị đứt gãy, đảm bảo cho các phân tích tiếp theo. Kết quả kiểm tra nồng độ ADN hệ gen trên máy NanoDrop (260 nm/280 nm) đạt từ 108,39 – 575,33 ng/µl, độ tinh sạch đạt từ 1,79 – 1,98. Kết quả này cho thấy ADN tổng số đạt tiêu chuẩn tinh sạch và ít bị đứt gãy, phù hợp cho các nghiên cứu về đánh giá mối liên quan giữa đa hình gen và các tính trạng liên quan đến năng suất trứng. 73 3.2.2.2. Tần số alen/kiểu gen các đa hình gen PRL và mối liên quan với tính trạng năng suất trứng a. Khuếch đại các đoạn gen PRL bằng phản ứng PCR Sau khi tiến hành tách chiết ADN hệ gen đạt chất lượng phù hợp cho phản ứng PCR, tiến hành tối ưu quy trình thích hợp cho phản ứng PCR các đoạn ADN thuộc gen PRL. Tiến hành khuếch đại các đoạn gen PRL với các cặp mồi đặc hiệu. Sản phẩm PCR được kiểm tra bằng điện di trên gel agarose 1 %. A1. Sản phẩm PCR PRL24: ID: 154/130 bp; DD: 130 bp A2: Sản phẩm PCR PRL/C2402T: 439 bp B2: Sản phẩm PCR-RFLP: PRL/C2402T CT: 304/160/144/81/54 bp;TT: 304/81/54 bp A3: Sản phẩm PCR PRL/C2161G: 439 bp B3: Sản phẩm PCR-RFLP: C2161G CC: 439 bp;CG: 439/405/34 bp;GG: 405/34 bp Hình 3.13. Hình đại diện kết quả điện di sản phẩm PCR-RFLP các đa hình gen PRL trên gel agarose (điện di sản phẩm PCR trên gel 1%, sản phẩm cắt trên gel 2%, 2,5%) 74 Hình 3.13. A1, A2, A3 cho thấy, kích thước sản phẩm khuếch đại các đoạn gen PRL phù hợp với dự kiến. Cụ thể là: Tại vị trí -358 vùng điều khiển gen PRL (PRL24 ) xuất hiện đa hình chèn/xóa 24 nucleotide, vì vậy sản phẩm PCR có thể cho hai băng ADN với kích thước phân tử là 154 bp (chèn) hoặc130 bp (xóa) (Hình 3.13. A1). Kết quả khuếch đại gen PRL/2402 và PRL/2161 có kích thước phân tử 439 bp, với một băng ADN sáng, gọn, rõ nét (Hình 3.13.A2, A3). Như vậy, các đoạn chứa đa hình gen PRL đã được nhân lên đặc hiệu và có thể đảm bảo cho việc phân tích đa hình tại các vị trí -385, 2402 và 2161. b. Phân tích đa hình gen PRL bằng enzyme cắt giới hạn Kết quả cho thấy, vị trí -358 vùng điều khiển gen PRL xuất hiện đa hình chèn/xóa 24 nucleotide ở giống gà bản địa Liên Minh. Sản phẩm PCR có thể cho hai băng ADN với kích thước phân tử là 154 bp (chèn) hoặc 130 bp (xóa), tương ứng với hai alen I và D. Kết quả điện di sản phẩm PCR gen PRL24 cho thấy, các băng 130 bp (giếng 1, 2, 3, 5, 6) và 154/130 bp (giếng 4, 7), tương ứng với kiểu gen DD và ID, trong nghiên cứu này không thấy xuất hiện kiểu gen II (Hình 3.13. A1). Đoạn gen PRL/2402 được nghiên cứu chứa 3 điểm cắt với AluI, nhưng chỉ có một vị trí cắt tại đa hình C2402T (Bảng 2.4). Cụ thể là, khi điện di sản phẩm cắt trên agarose 2,5% cho hai kiểu cắt với kích thước: 304/81/54 bp (giếng 5) và 304/160/144/81/54 bp (giếng 1-4), tương ứng với hai kiểu gen TT và CT, không xuất hiện kiểu gen CC. Đối với đa hình PRL/2161 được xác định bởi enzyme cắt Csp6I. Theo lý thuyết đa hình PRL/2161 sẽ cho ba kiểu gen với các kích thước là: CC (439 bp); CG (439/405/34 bp) và GG (405/34 bp). Tuy nhiên do băng 34 bp có kích thước phân tử nhỏ, nên không quan sát được trên ảnh điện di, vì vậy gà mang kiểu gen CG chỉ thấy hai băng (439/405 bp) và gà mang kiểu gen GG chỉ thấy một băng với kích thước 405 bp (Hình 3.13.B3). Kết quả cho thấy cả ba kiểu gen đều xuất hiện ở đàn gà Liên Minh nghiên cứu. Kết quả nghiên cứu của Cui và cộng sự (2006), Sarvestani và cộng sự (2013), Chau Thanh Vu và Nguyen Trong Ngu (2016) cũng cho kết quả tương tự. c. Xác định đa hình gen PRL bằng giải trình tự nucleotide Đa hình chèn/xóa 24 bp gen PRL24 được xác định bằng kết quả giải trình 75 tự nucleotide, cụ thể là: Tại vị trí (-358) được chèn 24 nucleotide, tương ứng với alen I kích thước 154 bp (Hình 3.14.A), xóa 24 nucleotide tương ứng với alen D kích thước 130 bp (Hình 3.14.B). A Trình tự gen PRL24 tại vị trí (-358) được chèn 24 nucleotide tương ứng với alen I kích thước 154 bp. B Trình tự gen PRL24 tại vị trí (-358) xóa 24 bp tương ứng với alen D kích thước 130 bp. Hình 3.14. Kết quả giải trình tự gen tại vị trí đa hình PRL24 Trình tự nucleotide chứa vị trí PRL/2402 được thể hiện trong hình 3.15A, cho thấy, nucleotide xuất hiện tại vị trí 2402 gen PRL là T, vì vậy không tạo điểm cắt với AluI (AGTC), tương ứng với kiểu gen TT, hình 3.15.B xuất hiện nucleotide C/T tại vị trí 2402, tạo ra điểm cắt AluI trên một sợi nhiễm sắc thể (CTGA), tương ứng với kiểu gen dị hợp tử CT. A Kiểu gen TT, không cắt bởi enzyme AluI (AGCT) B Kiểu gen CT, có hai nucleotide (T/C) cùng xuất hiện tại vị trí 2402 Hình 3.15. Kết quả giải trình tự gen tại vị trí đa hình PRL/2402 Kết quả giải trình tự gen cho thấy, nucleotide G xuất hiện tại vị trí 2161 gen PRL (Hình 3.16.A), vì vậy không tạo điểm cắt với enzyme Csp6I (CTAC), 76 tương ứng kiểu gen GG. Nucleotide C xuất hiện tại vị trí PRL/2161 (Hình 3.16.C), vì vậy tạo điểm cắt với enzyme Csp6I, tương ứng với kiểu gen CC. Nucleotide C và G xuất hiện trên hai sợi ADN đơn tại vị trí 2161, tạo ra điểm cắt với enzyme Csp6I (CTAC) trên một sợi nhiễm sắc thể, tương ứng với kiểu gen dị hợp tử CG. A Kiểu gen GG, cắt bởi enzyme Csp6I (GTAC) B Kiểu gen CG, có hai nucleotide (G/C) cùng xuất hiện tại vị trí 2161 C Kiểu gen CC, không cắt bởi enzyme Csp6I (GTAC) Hình 3.16 Kết quả giải trình tự gen tại vị trí đa hình PRL/2161 d. Phân tích tần số alen/kiểu gen tại các vị trí đa hình gen PRL Kết quả phân tích tần số alen/kiểu gen tại vị trí đa hình gen PRL24, PRL/2402 và PRL/2161 ở gà Liên Minh được trình bày ở bảng 3.7 Bảng 3.7. Phân tích tần số alen/kiểu gen tại ba đa hình gen PRL Locus Kiểu gen quan sát Alen Kiểu gen lý thuyết HW χ2 PRL24 II ID DD I D II ID DD 2,63ns (n=90) 0,00 0,27 0,73 0,13 0,87 0,02 0,23 0,75 PRL/2402 CC CT TT C T CC CT TT 6,03s (n=90) 0,00 0,41 0,59 0,21 0,79 0,04 0,33 0,63 PRL/2161 CC CG GG C G CC CG GG 0.29ns 0.04 0.29 0.67 0.19 0.81 0.04 0.31 0.66 HW- Hardy Weinberg; ns: Không có sự sai khác với phân bố theo định luật Hardy Weinberg, s: Có sự sai khác với phân bố theo định luật Hardy Weinberg 77 Kết quả bảng 3.7 cho thấy, tần số xuất hiện alen I - alen D của gà Liên Minh tương ứng là 0,13 và 0,87. Đa hình PRL24 có tần số kiểu gen tuân theo Định luật Hardy-Weinberg (P>0,05). Tần số alen I - D xuất hiện khá khác nhau ở các giống gà, cụ thể là: Khi nghiên cứu trên sáu giống gà nuôi tại Trung Quốc, tần số alen I xuất hiện dao động từ 0,02 (Taihe Silkies thế hệ F0), 0,05 (Yangshan), 0,17 (Nongdahe), 0,2 (Taihe Silkies thế hệ F1), 0,22 (White Rock) và đến 1,00 ở giống gà Leghorn trắng, đây là giống gà cho sản lượng trứng rất cao, đạt 300 quả/mái/ năm (Cui et al, 2006). Tần số alen I xuất hiện ở gà bản địa Iran (0,72), ở gà vùng Mazandaran (0,59), gà vùng Poltava clay (0,00) (Begli et al, 2010; Rashidi et al, 2012; Kulibaba et al, 2015). Phân tích hai dòng gà hướng thịt (dòng G-2) và hướng trứng (dòng A) của Ukrainian, kết quả cho thấy rằng tần số alen I ở dòng G-2 là 0,14 còn ở dòng hướng trứng (dòng A) là 0,73 (Kulibaba et al, 2012). Điều này cho thấy tần số alen I - D khá dao động ở các giống gà và ở các giống gà cho năng suất trứng cao thường xuất hiện tần số alen I trội hơn, nhất là với các dòng gà hướng trứng đã được chọn lọc. Đối với đa hình tại vị trí PRL/2161, tần số xuất hiện alen C chiếm tỷ lệ thấp (0,19), còn alen G chiếm tỷ lệ cao (0,81), vì vậy tần số xuất hiện của các kiểu gen tương ứng là: CC (0,04), CG (0,29), GG (0,67), tần số xuất hiện của các kiểu gen này tuân theo Định luật Hardy Weinberg (P>0,05). Tần số xuất hiện alen C có sự khác biệt đáng kể trong các giống gà. Nghiên cứu trên 6 giống gà cho thấy tần số alen C xuất hiện dao động từ 0,05 (Yangshan), 0,13 (Taihe Silkies 2), 0,3 (Taihe Silkies 1), 0,35 (White Rock), 0,42 (Nongdahe) và 1,00 ở gà Leghorn trắng. Nghiên cứu đã chỉ ra rằng, tần số xuất hiện alen C cho năng suất trứng tốt hơn. Cụ thể, gà Taihe Silkies và Yangshan, vốn là giống gà bản địa Trung Quốc cho sản lượng ít hơn 90 quả/mái/năm. Mặt khác, các giống gà Nongdahe và White Leghorn cho sản lượng 160 và 300 quả/mái/năm, tương ứng (Cui et al, 2006). Tần số xuất hiện alen C ở Gà Nòi – Việt Nam (0,33), giống gà này cho sản lượng trứng tương đối thấp 40-50 quả/mái/năm (Chau Thanh Vu và Nguyen Trong Ngu, 2016). Phân tích tần số kiểu gen của SNP PRL/2402 ở gà Liên Minh, kết quả cho thấy tần số alen T (0,79) xuất hiện cao hơn alen C (0,21), tần số xuất hiện kiểu 78 gen tại đa hình này không tuân theo định luật Hardy-Weinberg (P<0,05) (Bảng 3.7). Tần số phân bố alen C (0,21) ở gà Liên Minh khá tương đồng với giống gà Taihe Silkies Trung Quốc (0,23) và ở gà Nòi Việt Nam (0,17). Tần số alen T xuất hiện cao ở các giống gà Liên Minh, gà Nòi, gà Yangshan, gà Taihe Silkes và dòng gà hướng thịt Ukrainian. Còn gà dòng A - nuôi hướng trứng (Ukrainian), gà vùng Mzandaran, gà vùng Azarbaijan xuất hiện tần số alen C cao, đặc biệt giống gà Leghorn trắng chỉ xuất hiện alen C (1,00), đây là giống gà cho năng suất trứng đạt 300 quả/mái/năm. Tần số xuất hiện alen/kiểu gen PRL/2402 của gà Liên Minh và một số giống gà bản địa khác được trình bày ở bảng 3.8. Bảng 3.8. Tần số alen/ kiểu gen PRL/2402 của gà Liên Minh và một số giống gà bản địa Giống SLT (quả/ mái/ năm) Tần số alen (%) C T Tần số kiểu gen (%) CC CT TT Tác giả Gà Liên Minh 70-80 0,21 0,79 0,00 0,41 0,59 Nghiên cứu này Gà Nòi 40-50 0,17 0,83 0,03 0,28 0,69 Vu CT và Ngu NT, 2016 Yangshan 70 0,05 0,95 - - - Cui et al, 2006 Taihe Silkes 1 90 0,23 0,77 - - - Cui et al, 2006 Gà bản địa Zabol - 0,33 0,67 0,20 0,27 0,53 Masoud et al, 2011 Dòng G - gà thương phẩm 0,15 0,85 0,02 0,27 0,71 Kulibaba et al, 2012 Poltavaskaya Glinistaya 200 0,37 0,63 0,11 0,52 0,37 Kulibaba et al, 2015 Dòng A-gà hướng trứng - 0,74 0,26 0,52 0,45 0,03 Kulibaba et al, 2012 Gà vùng Mazandaran - 0,52 0,48 0,10 0,84 0,06 Rashidi et al, 2012 Gà vùng Azarbaijan - 0,88 0,22 0,56 0,44 0,00 Abdi et al, 2014 White Leghorn 300 1,00 0,00 - - - Cui et al, 2006 -: Không có thông tin; SLT: Sản lượng trứng e. Mối liên quan giữa kiểu gen và tính trạng năng suất trứng ở giống gà Liên Minh Phân tích mối liên quan giữa đa hình PRL24 với tính trạng sinh sản, cho thấy khối lượng trứng trung bình và năng suất trứng trung bình ở các cá thể mang kiểu gen ID lớn hơn so với kiểu gen DD, tuy nhiên chỉ khối lượng trứng trung bình gà mang kiểu gen ID (47,57±3,11 g) lớn hơn gà mang kiểu gen DD 79 (45,05±4,33 g), có ý nghĩa thống kê với P<0,05 (Bảng 3.9). Kết quả theo dõi khối lượng trứng trung bình từ tuần 36 – tuần 44 cũng cho thấy, gà mang kiểu gen ID cho khối lượng trứng (49,13±3,27) cao hơn gà mang kiểu gen CC (46,58±4,68). Kết quả thể hiện ở bảng 3.9 cũng cho thấy rằng tuổi đẻ quả trứng đầu tiên ở gà mang gen ID (185,33±8,21 ngày) sớm hơn gà mang kiểu gen DD (187,12±8,25 ngày). Kết quả tương tự cũng được báo cáo bởi Xu và cộng sự (2011b), tuổi đẻ quả trứng đầu tiên ở giống gà Ningdu Sanhuang mang kiểu gen ID (121,4 ngày) sớm hơn gà mang kiểu gen DD (123,7 ngày). Bên cạnh đó, nghiên cứu của Xu và cộng sự (2011a) trên đa hình này cho thấy, gà Ningdu Sanhuang mang kiểu gen ID cho sản lượng trứng cao hơn gà mang kiểu gen DD, với số trứng tương ứng là 97,29 quả và 93,99 quả. Điều này gợi ý alen I dường như là alen có lợi cho tính trạng năng suất trứng ở gà Liên Minh. Bảng