1. Đối tượng nghiên cứu.
- 46 chủng virut sởi thu được các vụ
dịch sởi từ 2006 - 2013 tại một số tỉnh
miền Bắc Việt Nam đang lưu giữ tại Khoa
Virut, Viện Vệ sinh Dịch tễ TW được sử
dụng để nghiên cứu đặc điểm phân tử.
- Các chủng virut sởi phân lập từ 3 loại
vắc xin sống giảm độc lực gồm: 6675/Rouvax
Aventis Pasteur (Pháp); AIK-C Vero và
MMR (Mỹ) được dùng như chủng chuẩn
trong nghiên cứu virut sởi. Ngoài ra,
nghiên cứu này còn dùng chủng virut sởi
H1 là MVi/Hanam.VNM/6.09/9 (Genbank:
JF824649) làm chủng đối chứng để so
sánh và phân tích với các chủng phân lập
(hoang dại) trong nghiên cứu.
2. Phương pháp nghiên cứu.
ARN của các chủng virut sau khi tách
chiết được khuếch đại đoạn gen N đặc
hiệu tạo sản phẩm ADN có kích thước
660 bp bằng phản ứng RT-PCR, sản
phẩm này sau đó được giải trình tự gen
trên máy giải trình tự ABI avant 3100, xử
lý kết quả bằng phần mềm BioEdit và
MEGA 4.0 [4, 5]. Phân tích, xác định
genotýp trình tự virut sởi để lập cây phát
sinh chủng loại và tìm hiểu tỷ lệ sai khác
so với chủng đối chứng H1 (Genbank:
JF824649).
7 trang |
Chia sẻ: trungkhoi17 | Lượt xem: 459 | Lượt tải: 0
Bạn đang xem nội dung tài liệu Một số thay đổi trong cấu trúc di truyền của virut sởi lưu hành ở miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2006 - 2013, để tải tài liệu về máy bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014
MỘT SỐ THAY ĐỔI TRONG CẤU TRÚC DI TRUYỀN CỦA VIRUT SỞI
LƢU HÀNH Ở MIỀN BẮC VIỆT NAM GIAI ĐOẠN 2006 - 2013
Nguyễn Thái Sơn*; Nguyễn Thị Hồng Ngọc**
Mai Thị Huyền Sâm***; Diêm Đăng Thanh****
TÓM TẮT
Trong những năm gần đây, mặc dù vắc xin sởi đã được đưa vào chương trình tiêm chủng
mở rộng, bệnh sởi vẫn bùng phát và diễn biến phức tạp ở một số địa phương. Ngoài lý do tiêm
chủng không đầy đủ, việc tìm hiểu những thay đổi trong cấu trúc di truyền ở các chủng virut sởi
đang lưu hành là cần thiết. Phân tích gen N đặc hiệu ở các chủng virut sởi phân lập được tại
một số tỉnh miền Bắc Việt Nam trong giai đoạn 2006 - 2013 cho thấy các chủng virut sởi lưu
hành tại Việt Nam có sự biến đổi về trình tự nucleotid, cũng như khác biệt về genotýp qua các
giai đoạn và khu vực địa lý khác nhau.
* Từ khóa: Virut sởi; Genotýp; Nucleotid.
THE CHANGES OF GENETIC STRUCTURES GENOTYPE OF
MEASLES VIRUS IN NORTHERN OF VIETNAM
SUMMARY
In recent years, there has been routine measles vaccination for children, but measles still
breaks out and develops complicatedly in some regions. Apart from reasons not fully immunized,
the detection of changes in the genetic structure of measles virus strains in circulation is necessary.
Analysis of N-specific genes in strains of measles virus isolated in some provinces in northern
Vietnam during the period 2006 - 2013 showed that measles virus strains circulating in Vietnam
have variations in nucleotide sequence, as well as there are differences in the genotype through
the stages and different geographical areas.
* Key words: Measles virus; Genotype; Nucleotide.
ĐẶT VẤN ĐỀ 4,3 triệu người trong thập kỷ qua. Tuy nhiên,
Sởi là một bệnh nhiễm trùng đường hô số liệu công bố của WHO cho thấy trung
hấp do virut sởi gây ra, thường gặp ở trẻ bình 330 người chết mỗi ngày, 14 trẻ chết
em. Theo thống kê của Tổ chức Y tế Thế mỗi giờ vì căn bệnh này hiện vẫn là quá
giới (WHO), tình trạng tử vong do bệnh lớn đối với một bệnh hoàn toàn có thể
sởi đã giảm 78% và vắc xin đã cứu sống phòng ngừa được [8].
* Bệnh viện Quân y 103
** Trường Cao đẳng Y tế Hà Nội
*** Bệnh viện Quân y 110
Người phản hồi (Corresponding): Nguyễn Thái Sơn (nts65@yahoo.com)
Ngày nhận bài: 03/06/2014; Ngày phản biện đánh giá bài báo: 22/07/2014
Ngày bài báo được đăng: 28/07/2014
66
TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014
Tại Việt Nam, trong những năm gần genotýp trình tự virut sởi để lập cây phát
đây, dịch bệnh sởi lại bùng phát với diễn sinh chủng loại và tìm hiểu tỷ lệ sai khác
biến phức tạp, bệnh gặp cả ở người lớn so với chủng đối chứng H1 (Genbank:
(18 - 40 tuổi) và trẻ em < 6 tháng tuổi, JF824649).
riêng từ cuối năm 2013 đến hết quý I/2014
đã ghi nhận trên 5.000 trường hợp nghi
bệnh sởi [1]. Ngoài việc tiêm phòng vắcxin,
việc tìm hiểu đặc điểm di truyền của các
chủng virut sởi đang lưu hành cũng cần
thiết [9]. Vì vậy, đề tài này được tiến hành
với mục tiêu: Tìm hiểu một số đặc điểm di
truyền của virut sởi hiện đang lưu hành ở
một số tỉnh miền Bắc Việt Nam giai đoạn
2006 - 2013.
ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP
NGHIÊN CỨU
1. Đối tƣợng nghiên cứu.
- 46 chủng virut sởi thu được các vụ
dịch sởi từ 2006 - 2013 tại một số tỉnh
miền Bắc Việt Nam đang lưu giữ tại Khoa
Virut, Viện Vệ sinh Dịch tễ TW được sử
dụng để nghiên cứu đặc điểm phân tử.
- Các chủng virut sởi phân lập từ 3 loại
vắc xin sống giảm độc lực gồm: 6675/Rouvax
Aventis Pasteur (Pháp); AIK-C Vero và
MMR (Mỹ) được dùng như chủng chuẩn
trong nghiên cứu virut sởi. Ngoài ra,
nghiên cứu này còn dùng chủng virut sởi
H1 là MVi/Hanam.VNM/6.09/9 (Genbank:
JF824649) làm chủng đối chứng để so
sánh và phân tích với các chủng phân lập
(hoang dại) trong nghiên cứu.
2. Phƣơng pháp nghiên cứu.
ARN của các chủng virut sau khi tách
chiết được khuếch đại đoạn gen N đặc
hiệu tạo sản phẩm ADN có kích thước
660 bp bằng phản ứng RT-PCR, sản
phẩm này sau đó được giải trình tự gen
trên máy giải trình tự ABI avant 3100, xử
lý kết quả bằng phần mềm BioEdit và
MEGA 4.0 [4, 5]. Phân tích, xác định
67
TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014
KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
1. Kết quả phân tích trình tự gen N của virut sởi.
Hình 1: Kết quả giải trình tự một số chủng virut sởi trong nghiên cứu.
Xử lý và phân tích trình tự gen N của các chủng virut sởi trong nghiên cứu bằng phần
mềm BioEdit và MEGA 4.0 cho kết quả cây phát sinh chủng loại như sau:
68
TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014
MVi/BG.VN/58.09
MVi/HN.VN/29.08
MVi/NB.VN/4A.08
MVi/NB.VN/8/09
MVi/HN.VN/25.09
MVi/BG.VN/17.09
MVi/HN.VN/17.08
MVi/HN.VN/25.08
MVi/HN.VN/46.09
MVi.HD.VN/13/09
10
MVi/BG.VN/43.09
MVi/HN.VN/47.09
MVi/NB.VN/3B.08
JF824649.H1
MVi/HB.VN/69.09
10 MVi/HD.VN/8.08
MVi/NB.VN/3.08
MVi/HN.VN/24.09
MVi/HN.VN/50.09
10 MVi/HN.VN/52.09
MVi/HN.VN/28.08
MVi/Nghean.VN/106.09
8 MVi/TH.VN/18.08
MVi/TH.VN/19.08
64
10 MVi/TH.VN/21.08
MVi/HN.VN/16.08
21 MVi/HN.VN/15.08
32 59 MVi/HN.VN/42.08
MVi/Nghean.VN/2L3.10
76
MVi/Nghean.VN/21.10
49 MVi/HN.VN/12.08
MVs/Laichau.VN/198.13
29 68 MVs/Laichau.VN/197.13
MVi/Laichau.VN/1.06
MVi/DB.VN/5/06
99
47 MVi/TN.VN/16.06
54 MVi/TB.VN/4.06
46 MVi/HD.VN/8.06
99
MVi/TN.VN/15.06
Hunan.CHN/93/7 H1
MVs/Nghean.VN/11/10
Beijing.CHN/94/1 H2
98 Maryland.USA/77 C2
Erlangen.DEU/90 C2
99 Amsterdam.NET/49.97 G2
65 MVs/Victoria.AUS/24.99 G3
Berkeley.USA/83 B2
76
80 Palau.BLA/93 D5
33 Bangkoj.THA/93/1 D5
16 Illinois.USA/89/1 D3
16 Victoria.AUS/16.85 D7
20 29
Montreal.CAN/89 D4
19
Manchester.UNK/30.94 D8
8
Illinois.USA/50.99 D7
New Jersey.USA/94/1 D6
MVs/Madrid.SPA/94 F
11
52 New York.USA/94 B3
90 Yaounde.CAE/12.83 B1
14
Ibandan.NIE/97/1 B3
Libreville.GAB/84 B2
12
41 Goettingen.DEU/71Braxator E
10 Tokyo.JPN/84/K C1
Johannesburg.SOA/88/1 D2
12
73 Edmonston-wt.USA/54 A
32 VACJAIK Vero
100 Vaccine MMR
73 Vaccine Phap
0.04 0.03 0.02 0.01 0.00
Hình 2: Cây phát sinh chủng loại một số chủng virut sởi phân lập được ở
miền Bắc Việt Nam giai đoạn 2006 - 2013.
Kết quả phân tích trình tự và lập cây phát sinh chủng loại chủng virut sởi phân lập được
tại Việt Nam trong giai đoạn 2006 - 2013 cho thấy các chủng này đều thuộc genotýp H1.
Trình tự nucleotid giữa các chủng phân lập được đã thay đổi ở một vài vị trí nucleotid so với
chủng đối chứng H1 (Genbank: JF824649).
2. Kết quả phân tích trình tự nucleotide virut sởi phân lập đƣợc theo năm.
69
TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014
Bảng 1: Tỷ lệ sai khác trong trình tự giữa các chủng virut sởi phân lập được so với chủng
đối chứng H1_JF824649.
2006 1,6 - 2,0 0 - 0,6
2008 0 - 0,6 0 - 0,8
2009 0 - 0,4 0 - 0,6
2010 0,2 - 1,6 0,6 - 1,6
2013 1,2 - 1,6 0,4
Kết quả phân tích cho thấy, trình tự nucleotid trên đoạn gen nghiên cứu giữa các chủng
virut sởi trong từng năm có tỷ lệ sai khác > 1% xảy ra vào năm 2006, giảm dần, nhưng sự
sai khác lại có xu hướng tăng từ 2010 - 2013.
Bảng 2: Tỷ lệ sai khác trong trình tự nucleotid các chủng virut sởi phân lập được đối chiếu
theo từng năm.
2006 2008 2009 2010 2013
H1 JF824649 1,6 - 2,0 0 - 0,6 0 - 0,4 0,2 - 1,6 1,2 - 1,6
2006 0 1,6 - 2,4 1,6 - 2,3 1,6 - 2,6 2,1 - 2,6
2008 1,6 - 2,4 0 0 - 0,9 0,2 - 1,6 1,2 - 2,1
2009 1,6 - 2,3 0 - 0,9 0 0,2 - 1,8 1,2 - 1,8
2010 1,6 - 2,6 0,2 - 1,6 0,2 - 1,8 0 1,6 - 2,4
2013 2,1 - 2,6 1,2 - 2,1 1,2 - 1,8 1,6 - 2,4 0
Trình tự nucleotid các chủng năm 2013 có sự sai khác lớn so với những năm khác, số
nucleotid sai khác trong khoảng từ 7 - 15 nucleotid, tương ứng với tỷ lệ 1,2 - 2,6%.
BÀN LUẬN đoạn cuối gen N và 1,1% đối với gen H
[7]. Nghiên cứu của Jacques R. Kremer,
Theo nhiều nghiên cứu công bố trước
Giang H. Nguyen [5]: các chủng sởi phân
đây cho thấy từ năm 1998 - 2003 các
lập tại Hà Nội năm 2003 thuộc về genotýp
chủng virut sởi lưu hành ở cả ba miền Việt
H2.
Nam thuộc nhánh H với hai genotýp là H1
và H2. Theo Liffick, Nguyễn Thị Thường và Các nghiên cứu tiếp theo ở giai đoạn
CS, các chủng virut sởi lưu hành tại một 2003 - 2005 thấy có cả hai loại genotýp
số tỉnh như Hà Tây (cũ), Hòa Bình trong H1 và H2 của virut sởi cùng lưu hành. Gần
những năm 1998, 1999 đều thuộc genotýp đây, những nghiên cứu về genotýp virut
H2. Sự sai khác trong trình tự nucleotid sởi tại miền Bắc Việt Nam thấy chỉ có H1
giữa các chủng này khoảng 1,8% đối với lưu hành như công bố của Nguyễn Hạnh
70
TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014
Phúc và CS (2009) [2, 3]. Nghiên cứu này Nam đã biến đổi về trình tự nucleotid,
cũng như khác biệt về genotýp qua các
lần nữa khẳng định các chủng virut sởi ở
giai đoạn và khu vực địa lý khác nhau.
miền Bắc phân lập được đều thuộc Điều này cần được tiếp tục nghiên cứu để
genotýp H1. Như vậy, genotýp H1 đã có thể xác định đây là sự biến chủng của
virut sởi nội địa theo thời gian và điều kiện
hoàn toàn thay thế H2 ở miền Bắc kể từ
địa lý, hay có sự xâm nhập của các chủng
các nghiên cứu năm 2006. Khi phân tích sởi mới từ bên ngoài.
sâu hơn về thay đổi trong trình tự KẾT LUẬN
nucleotid của các chủng virut sởi thấy Các chủng virut sởi phân lập được tại
một số tỉnh miền Bắc Việt Nam trong giai
tỷ lệ sai khác của các chủng năm 2013
đoạn 2006 - 2013 thuộc genotýp H1 và có
trong nghiên cứu của chúng tôi cao hơn biến đổi về trình tự nucleotid qua các năm.
rất nhiều (1,6 - 2,4% với 0,2%) so với các Chủng năm 2013 có trình tự nucleotid sai
khác nhiều hơn so với các chủng trong
chủng phân lập được năm 2006 trong những năm 2008, 2009 và 2010 với tỷ lệ
nghiên cứu Nguyễn Hạnh Phúc và CS [3]. sai khác dao động từ 0,2 - 2,4% giữa
các năm.
Như vậy, chủng virut sởi có sự biến đổi
TÀI LIỆU THAM KHẢO
trong trình tự gen qua các năm, chủng
1. Bộ Y tế. Công điện khẩn số 1696/CĐ-
năm 2013 có trình tự nucleotid sai khác BYT ngày 5/4/2014 về tăng cường phòng chống
nhiều hơn so với các chủng trong những bệnh sởi và kế hoạch tiêm vắc xin phòng bệnh
sởi của Cục Y tế Dự phòng. 2014.
năm 2008, 2009 và 2010. Đối chiếu với
2. Lê Thị Kim Tuyến và CS. Nghiên cứu
chủng đang lưu hành ở các quốc gia lân đặc điểm di truyền một số chủng sởi đang lưu
hành ở Việt Nam bằng phương pháp RFLP
cận và cây phát sinh chủng loại (hình 2),
(đa dạng độ dài đoạn cắt giới hạn)”. Đề tài cấp
chủng genotýp H1 ở miền Bắc có độ Bộ Y tế. Nghiệm thu 2005. 2005.
tương đồng cao với chủng đang lưu hành 3. Nguyễn Hạnh Phúc, Nguyễn Hiền Thanh,
Nguyễn Thị Thu Thủy và CS. Genotýp H1 virut
ở Trung Quốc, Hồng Kông và Đài Loan. sởi lưu hành trong các vụ dịch sởi năm 2006 -
2008 ở miền Bắc Việt Nam. Tạp chí Y học
Chủng virut sởi năm 2009 trong nghiên
Dự phòng. 2009, số 5 (104), tr.50-56.
cứu này có tỷ lệ tương đồng 100% so với 4. Julia R. Kessler, Jacques R. Kremer,
chủng đã được công bố tại Đài Loan năm Sergey V. Shulga, Nina T. Tikhonova, Sabine
Santibanez, Annette Mankertz, Galina V.
2008 là Taipei.TWN/05.08 (GQ338670) và Semeiko, Elena O. Samoilovich, Jean-Jacques
chủng Hongkong.CHN/21.07/4 (EU368026). Muyembe Tamfum, Elisabeth Pukuta, and
Claude P. Muller. Revealing new measles virus
Các chủng năm 2013 có sự tương đồng 99% transmission routes by use of sequence
analysis of phosphoprotein and hemagglutinin
so với chủng Taipei.TWN/05.08 (GQ338670)
henes. Journal of Clinical Microbiology. 2011,
[4, 6]. Feb, Vol 49, No 2, pp.677-683.
5. Jacques R. Kremer, Giang H. Nguyen,
Từ so sánh và phân tích ở trên có thể Sergey V. Shulga, Phuc H. Nguyen, et al.
thấy, các chủng virut sởi lưu hành tại Việt Genotyping of recent measles virus strains
70
TẠP CHÍ Y - DƯỢC HỌC QUÂN SỰ SỐ 6-2014
from Russia and Vietnam by nucleotide - characterization of contemporary wild-type
specific multiplex PCR. Journal of Medical measles viruses from Vietnam and the People’s
Virology. 2007, 79, pp.987-994. Republic of China: identification of two genotypes
6. William J. Bellini and Paul A. Rota. within clade H. Virus Research. 2001, 77,
Genetic diversity of wild-type measles viruses: pp.81-87.
Implications for global measles elimination
8. WHO. (Fact sheet N°286): Measles,
Programs. Emerging Infectious Diseases. 1998,
who.int/mediacentre/factsheets/fs286/en/Updated
Vol 4, No 1, pp.29-35.
February 2014.
7. Stephanie L. Liffick, Nguyen Thi Thuong,
Wenbo Xu, Yeqiang Li, Huynh Phoung Lien, 9. WHO. Measles and rubella laboratory
William J. Bellini, Paul A. Rota. Genetic network. Genava Switzerland. June 2013.
71
Các file đính kèm theo tài liệu này:
- mot_so_thay_doi_trong_cau_truc_di_truyen_cua_virut_soi_luu_h.pdf