Luận án Động lực học cuốn protein trong môi trường tế bào

Để thu được những hiển biết động học về quá trình cuốn và thoát ra của protein mới sinh tại đường hầm ribosome (qưá trình phi cân bằng) và dể tính toán các dại lượng nhiệt dộng tại cân bằng, chúng tôi sử dụng phương pháp dộng lực học phân tứ. Phương pháp này cho phép xác dinh trạng thái cùa hệ tại một thời điểm bất kì khi biết trạng thái ban dầu bằng cách lấy tích phân theo thời gian các phương trình chuyển dộng. Trong bài toán cuốn của protein trong tế bào, chuyển dộng của các amino acid và các dại phân tử dám dông tuân theo phương trình Langevin. De đảm bảo tính thuận nghịch về thời gian và sự bảo toàn năng lượng của hệ, chúng tôi phát triển thuật toán Verlet dể giải số phương trình Langevin. Thuật toán cho phép xác định diễn tiến toạ độ theo thời gian của hạt ở các thời diem gián đoạn với bước thời gian t Thuật toán Verlet tuy dơn giản nhưng mang lại dộ chính xác cao. Mặt khác, quá trình protein thoát ra ngoài dường hầm ribosome là một qưá trình không cân bàng. Vì vậy, để lấy mẩu dầy đủ các cấu hình cùa protein tại dường hầm. chúng tôi sử dụng kỹ thuật lấy mầu ô bàng cách thêm vào một thế năng giữ diều hoà để buộc hệ lấy mẩu tại một khu vực cụ thể. Thế năng này sẽ dược khử khi phối hợp với phương pháp phân tích biểu dồ có trọng số dể xác định các dại lượng nhiệt dộng. Phương pháp phân tích da biểu dồ này cho phép kết hợp dữ liệu từ nhiều nguồn khác nhau và có thể áp dụng cho số mô phỏng bất kỳ, miền là các dữ liệu dược lấy ở các điều kiện cân bằng.